上海市金山区中心医院的科室设置丰富多样，旨在为患者提供全方位的医疗服务。医院内设有各类临床科室，包括内科如普通内科、心血管内科、神经内科、血液科，以及外科如普通外科、胆道外科、胸外科、脑外科、肿瘤科、乳腺外科、整形外科、骨科、泌尿外科、妇科、产科和儿科。此外，还有应对突发状况的急诊科，以及眼科、耳鼻喉科和口腔科，满足不同部位的专科需求。皮肤科和中西医结合肾内科也是一大特色，关注患者的全面健康。
辅助科室同样重要，包括放射科、药剂科，确保药物和检查的精准支持；检验科、病理科则负责疾病诊断和病理分析；内窥镜室、心电图室和脑电图室提供深层次的内部检查；超声医学科则利用先进设备进行非侵入式检查。营养科则在疾病治疗过程中，关注患者的饮食和营养补充。重症监护室（中心ICU）和麻醉科保障危重病人的救治，而中医内科、外科、妇科和儿科则体现了医院对传统中医诊疗的传承和应用，如推拿、针灸和伤科等服务也一应俱全。
上海市金山区中心医院（又名上海市第六人民医院金山分院）创建于1935年，前身为金山县卫生院，1956年易名为金山县人民医院，1998年更名为上海市金山区中心医院，是一所科室齐全、设施先进，集医疗、教学和科研为一体的二级甲等综合性医院。医院现拥有枫泾和漕泾两所分院，是上海中医药大学实习基地。2005年3月成为上海市第六人民医院金山分院，同时成为苏州大学教学医院。