法律分析：公司通过银行代发工资，需要按实际工资额缴纳个税，是公司报税的时候自行申报，银行不会在代发工资的时候扣。一般来说，如果使用的是某银行代发工资，员工的银行卡也会是本地某银行的，而代发工资实际上就是一种转账行为（同行、同城），所以是不需要收取手续费的。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第十五条 公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当协助税务机关确认纳税人的身份、金融账户信息。教育、卫生、医疗保障、民政、人力资源社会保障、住房城乡建设、公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当向税务机关提供纳税人子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除信息。个人转让不动产的，税务机关应当根据不动产登记等相关信息核验应缴的个人所得税，登记机构办理转移登记时，应当查验与该不动产转让相关的个人所得税的完税凭证。个人转让股权办理变更登记的，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的个人所得税的完税凭证。
有关部门依法将纳税人、扣缴义务人遵守本法的情况纳入信用信息系统，并实施联合激励或者惩戒。