穆念慈在杨过十一二岁的时候，因病去世。
穆念慈小时候父母都因染病而逝世，之后被杨康的生父杨铁心收做义女，穆念慈性情温婉、外柔内刚、在比武招亲会上与杨康相遇，从而产生了两个人的爱情。
从与杨康相恋，到怀上杨康孩子，因杨康不肯改正自己而失望出走，一人返回牛家村生下孩子独自抚养，最后杨康死在铁枪庙，穆念慈悲痛不已，这是《射雕英雄传》里对穆念慈的故事叙述。而在之后的《神雕侠侣》中，十三四岁的杨过就是杨康和穆念慈的儿子，此时的穆念慈已经逝世。
穆念慈在牛家村生下杨过后，母子二人相依为命，日子过得很是贫苦。在杨过十一二岁的时候，穆念慈因病去世，临死之前嘱咐杨过要将自己的骨灰埋到铁枪庙的外面。杨过依照母亲的遗言做了，他去铁枪庙埋葬了母亲，并发生了之后《神雕侠侣》中的故事。杨过是《神雕侠侣》的男主角，他受到了郭靖大侠的教导和培养，从而也成为了一名大侠。
可见穆念慈的结局就是一人在乡村抚养她与杨康的儿子，最后在儿子十一二岁的时候因病去世。这位温婉的女子给人留下很深的印象，她和杨康的爱情也让人感到唏嘘。
扩展资料：
穆念慈
穆念慈：气质若如兰。
一、生活的不幸
父母早亡，继父（杨铁心）后也英年早逝，丈夫早死。
二、对爱情的执着
“比武招亲”，成全了穆念慈的初恋，也是悲剧激化的开始。
1、每每柔声的叫着：“阿康！”，而阿康（唯一的优点：不好色，用情专一。为此他还在牛家村杀了欧阳克，虽然他还带有另一层企图。）每每欺骗着她，伤透了她的心。而她却……杨康临死前说：“为什么你一次次的原谅我？”，可见她的宽容与大度。（tvb83版射雕改编剧情）
2、杨康因穆念慈老劝他放弃荣华富贵，不要认贼做父，于是支走了穆念慈，后又合谋杀了五怪（干尽了坏事），最终自作自受！念慈未婚先孕（虽说有过拜堂之礼，但那是勉勉强强），可对她而言，有了爱情，只要和杨康在一起，什么都不重要。（tvb83版射雕改编剧情）
3、对爱情的向往。“我们可以重新开始？你耕田，我织布……”阿康死在她的怀中，最终得到的，太迟了……绝望，一个年轻的女子；眼泪，无以为容的表达。（tvb83版射雕改编剧情）
三、无奈与坚强
性格决定她的最后：一个美女寡妇在荒山野岭生活，抚养了小时候的杨过，其实大可去投奔郭靖夫妇，而她却没有，可见她的坚强。最后死于疾病。
参考资料来源：百度百科-穆念慈
旧版结局
欧阳锋与黄蓉望着杨康在地下打滚，各有各的念头，都不说话，忽听庙顶屋瓦「格」的一响。欧阳锋喝道：「偷听什么？下来吧？」黄蓉一惊，只道柯镇恶悄悄爬上了屋顶，却见庙门口黑影一晃，一人从屋上跃下，直奔进殿。
黄蓉叫道：「穆姊姊，你也来啦！」穆念慈毫不理睬，俯身抱起杨康，柔声道：「你认得我吗？」杨康「荷，荷」的叫了两声。穆念慈道：「啊，你看不见我。」转过身子，让月光照在自己脸上，又问：「你认得我么？」杨康呆呆的瞪着眼，隔了半晌，终于点头。穆念慈很是欢喜，低声道：「活在这世界上苦得很，你受够了苦，我也受够啦。咱们走啦，好不好？」杨康又点了点头，忽然大叫一声。穆念慈坐在地下，将他身子紧紧抱在怀里。
黄蓉见了这副情景，不禁暗暗叹息，只见穆念慈的头渐渐垂下，搁在杨康肩上，两人都不动了。黄蓉一惊，叫道：「穆姊姊，穆姊姊！」穆念慈恍若不闻。黄蓉俯身轻轻扳她肩头，穆念慈随势后仰，跌在地下。黄蓉失声惊呼，只见她胸口插了半截铁枪，早已气绝。再看杨康时，他胸口刺了一个大孔，鲜血汩汩而流，亦已毙命。 原来穆念慈不忍杨康多受苦楚，抱着他时，暗暗用杨铁心遗下的半截铁枪将他刺死，随即倒转枪头，抵住自己胸口，用力一抱杨康，铁枪透骨抵心，一痛而逝
黄蓉伏在她的身上，哀哀恸哭，到后来想起自己身世，哭得更是悲切……
《射雕英雄传》，旧本80回，修订本40回，大致上取二回并成一回，如旧本1、2回《雪地除奸》、《午夜惊变》缩成「风雪惊变」；79、80 回《异地重逢》、《华山论剑》缩成「华山论剑」。
在旧本中，秦南琴是杨过的生母，由于删改的幅度甚大，因此旧本中许多重要的情节也随之简省，其中秦南琴对郭靖的微妙情愫、秦南琴受辱后的激烈性情（与杨过类似）、秦南琴撕毁《武穆遗书》、毒蛇克星「血鸟」、「蛙蛤大战」等，皆完全不见踪影；而为了改穆念慈为杨过生母，也只得将原来殉情杨康的穆念慈，重新还魂。
粗略估计之下，相关情节不下于一万五千字。
