1、水生植被
（1）马来眼子菜－苦草群丛
分布于各湖池水域深处。主要以马来眼子菜、苦草生物量最高。常见的还有黑藻、大茨藻、小茨藻(Naias minor Rll.)、--菜、菹菜、金鱼藻等。本群丛面积最大，生物量高。尤其是马来眼子菜，它的块茎是珍禽白鹤和天鹅的主要饵料。
2．牛毛毡群丛
本群丛基本上由牛毛毡组成，介入值物除了极少量的水蓼和马来眼子菜外，并无其它植物介入，分布在梅西湖等处。
3．荻－苔草，马来眼子菜群丛
本群丛见于蚌湖湖滩与水际文汇处，面积不大，介入植物有水蓼等。其中荻呈片状分布，占主要成份。在荻未占领的区域由苔草和马来眼子菜稀疏覆盖。
2、草洲植被
草洲植被主要是指生长在湖滩上除水生植物外的陆生、湿生植物的构成。草洲植被的面积严重地受湖水水位控制。汛期，湖面扩大，使得大部分草洲植物缩短了生长期，即必须在汛期前完成生长，水淹后进入休眠状态。在秋天汛期结束后，不少植物为了积聚有机物，在冬天并不落叶，如蛇含委陵菜等。
苇丛植被，主要包含苔草、芦苇、紫云英、水田碎米荠等。
1．苔草群丛
本群丛主要分布在大湖池、大汊湖、梅西湖等离湖水有较远距离的区域。以苔草占主要地位，有委陵菜、藜蒿等植物介人。
2．苔草，水田碎米荠、藜蒿－荸荠群丛
本群丛主要分布在大湖池近湖100,000米的部分地域。组成植物除苔草、水田碎米荠、藜蒿和刚毛荸荠外，渗入的植物还有水蓼、野艾蒿等。
3．苔草，水蓼群丛
本群丛面积较小，分布在梅西湖湖滩的中间地段，除苔草和水蓼外，很少有其它植物介入。
4．苔草，藜篙－芦苇群丛
本群丛分布在沙湖南面。面积约1平方公里以上。
5．芦苇，季陵菜群丛
本群丛分布面积比较广，大湖池西南、南缘，沙湖南缘及令公洲均有。以芦苇为主要种，多为人工栽培，在梅西湖地区沙山边也有生长。
6．狗牙根，破铜钱，紫云英群丛
本群丛常见于河岸、湖缘及路边，尤以常湖池和象湖为多。渗入植物有少量藜蒿、野艾蒿、马兰和水田碎米荠。
7．委陵菜群丛
本群丛面积极小，分布在沙湖东南。
8．苔草，刚毛荸荠群丛
本群丛面积较小，分布在象湖，介入植物有水蓼等。
9．苔草，刚毛荸荠－野义蒿群丛
本群丛分布在梅西湖西缘，由苔草、刚毛荸荠、野艾蒿组成。范围内有若干小塘池，池内行有荇菜、刚毛荸荠、水蓼、轮生狐尾藻和苔草等。
10．苔草，藜蒿，蛇含委陵菜，紫云英群丛
本群丛分布在蚌湖，面积比较大，组成植物也较固定。有苔草、藜蒿、蛇含委陵菜、紫云英等植物组成。
11．苔草，蛇含委陵菜，紫云英群丛
本群丛也见于蚌湖。在本群丛内围，组成植物以苔草为主，蛇含委陵菜、紫云英为副。由于土壤肥沃，各种植物生长旺盛，竞争激烈，以苔草占优势。
12．肉根毛茛，水田碎米荠，水蓼群丛
本群丛分布比较广，在中湖池、常湖池、大汊湖等有分布。其中在中湖池分布较匀，在常湖池水田碎米荠较少。肉根毛茛有时迅速地先于其他植物从才退出的湖滩上萌出，开花结果，会至在较浅水中萌出。在大汊湖，介入本群丛的还可见南亚稷、马兰、结缕草、水田碎米荠等。
13．苔草－董菜，委陵菜，野艾蒿－紫云英群丛
本群丛主要分布在中湖池外缘。
除以上群丛外，还可以区分出(17)蛇含委陵菜，紫云英群丛和(18)酢浆草，荠菜，猪殃殃群丛等。
14．沙生植被
只分布于吴城镇东北的吉山的沙质地带。
沙生植被的构造简单，其中以马鞭草科的落叶灌木，单叶蔓荆子为主，它能在沙地上利用匍匐茎向前伸展，同时各茎节还能生根扎入沙中，属于一种良好的固沙灌木。它的黑色球果入药，能治神经性头痛，风湿骨痛和感冒等。
15．单叶蔓荆子，茵陈蒿，苔草群丛
本群丛分布在梅西湖附近的吉山沙区，介入植物有结缕草、白茅、羊蹄、胡枝子、一年蓬等。吉山一带曾为林区，在19世纪60年代，大部分林木被砍伐。在抗战期间也有伐林，最后一片林区在1958年砍尽。
3、保护区内主要的植物
由禾本科，莎草科，眼子菜科，菊科，蓼科，水鳖科组成。据考察，鄱阳湖有102种水生维管束植物(附录1)，其中大部分(可能全部)部分布于保护区内。许多种类是全球性广布种类，尚未发现鄱阳湖特有种。
禾草和芦苇具有重要的经济价值，可以提供燃料(区内树木稀少)和造纸原料，也可放牧水牛。禾草是数以万计的白额雁的食物。下列植物的根，根茎，球茎都是白鹤及鸿雁的主要食物：1．苦草 2．马来眼子菜 3．莎草 4．水蓼5．苔草，蛇含委陵菜是大鸨的重要食物．蔓荆子的球果能入药。
