1、行政诉讼立案难，收案数少。
我国《行政诉讼法》颁布初期，行政诉讼案件逐年增加，然而仅过了两年，当事人对行政诉讼的热情就骤然下降，行政诉讼案件日渐萎缩。1990年是行政诉讼法实施的第一年，全国各级法院一审行政案件为13006起，1991年为25667起，上升率为92.35%行政诉讼收案数实现了井喷，但自1992年起增幅开始下降，1992、1993年全国各级法院的一审行政案件数量分别仅比上年增5.68%和2.9%。虽然近两年来，行政诉讼案件又有回升的趋势，但每个法院平均受理的案件数量还是偏低。
据统计，从1990年至2001年，全国法院受理行政案件总共70余万件，平均每个法院每年受理的行政案件不到20件，2000年最多，也只有33件，实际上，全国还有不少基层法院全年未曾受理1件行政案件。[2]以笔者所在江西某中级法院法院为例，所下辖的一个基层法院连续三年只收了一个案件。据邓月云的论文指出，湖南某市下辖9县3区，某市九县三区均设有行政审判庭，加上中级法院审判庭共13个行政审判庭，行政审判人员80人。该市的行政审判工作曾在全省处于前茅，多次受到表彰。1998年全市共受理行政案件1784件，达到了顶峰，但随后逐年大幅减少，2002年下降到216件，个别审判庭竟出现了受案数为零的现象。该年度全市行政庭平均受案为16、6件，人平受案为2、7件。2003年和2004年该市中级法院分别给各行政审判庭下达了年受案50至100件的指标，但受案数并无大的变化，一直在200件上下波动。[3]
2、行政诉讼审判难，撤诉率高。
在我国行政审判实践中，撤诉率一直居高不下，撤诉成为行政案件结案的主要方式。如1999年以撤诉方式结案的有44442件，占已审结行政案件的比例为45%;2000年有31794件，占37、8%，2001年有31042件，占33、3%。行政审判中出现的撤诉，有一部分是被告变更具体行政行为或者是原告明知自己理亏而撤诉，但更多的属于非正常撤诉。所谓非正常撤诉是指在行政审判中，原告在自己的合法权益未能充分得到保护的情况下，因受到外界的影响或不当干预，被迫放弃自己的诉讼权利而撤回起诉。[4]
3、行政诉讼执行难，效果欠佳。
行政审判中的执行难主要集中在被告行政机关败诉的行政案件中。虽然《行政诉讼法》第65条明确规定，在行政机关不履行判决的情况下，人民法院可以对其采取强制措施，但是实际上，法院往往难以或不敢采取强制措施，即使采取强制措施也收效甚微或适得其反。有的行政机关，本来完全有能力履行，但横行跋扈，肆无忌惮，根本不把法院放在眼里“，你判你的，我干我的”，常常以法院判决影响当地“经济发展”为名，拒绝履行法院判决。
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