在政治上的分化瓦解，以集中力量打击吴三桂，在吴三桂举起判旗之后，康熙立即在全国范围内公布罪状，处死在京中的儿子，并且停止撤尚可喜，耿仲明二番，对于耿仲明在京的弟弟，宽容处理。此后，耿精忠，尚之信熠熠反清，康熙始终进行招抚，称其变乱为“无知诱惑”，表白说自己绝不食言。在军事上，康熙制定了一套准确与周密的作战计划。在一方面，他派遣将士分赴常德，四川，荆州，安庆等地拦截吴军和割断吴，耿联系，在另一方面，他积极部署后方，以山东兖州。山西太原为后方军队的集中点。变乱发生后，吴军来势凶猛，迅速攻陷岳州、衡阳等地。后耿精忠据福建反清，继而陕西提督王辅臣亦在吴三桂的诱引之下反清，占领平凉，和进攻四川的吴将王屏藩互相呼应。数月之间，陕、甘、川、湘、黔等省均为吴军控制。吴三桂自然被胜利冲昏头脑。自以为用兵之术天下无双，企图开始压迫康熙和谈。然而，康熙早已看穿其狡诈心理，不但不为所动，还积极备战。首先，命清军挺进岳州，展开直接进攻。其次，在慰勉王辅臣失败之后，进军平凉，迫王投降，王屏藩亦失去声援，逃往汉中。最后，得知吴三桂“谋结青海多尔济”之企图，康熙立即命张勇屯甘州防御，使青海与硕特各部“归故巢”。自此，清廷大体平定陕甘，以致吴三桂阴谋彻底破产。后于十月，耿精忠降清，福建被收复。康熙十五年五月，清军又攻取了广西。
康熙十六年五月，于清镇南将军莽依图之进攻以及吴三桂逼迫助饷之下，尚之信走投无路，只能降清。之后，吴三桂只余四省，府库空虚。而且，吴军横征暴敛，使人民怨声载道，众叛亲离。为维系人心，康熙十七年三月，吴三桂于衡阳称帝，国号“周”。八月，清军压境，吴气绝而亡。清军于十八年初先后攻占长沙、衡阳。十九年正月，清军提督攻克成都。二十年十月，昆明城下，清军大获全胜。三桂孙世璠自杀，余党被活捉，械送北京而处以磔刑。至此，康熙平定三藩之乱，清廷取得最后胜利。
明朝末年朝廷贪腐成风百姓苦不堪言，所以才有了李自成的成功。打着复明的旗号只能得到那些明朝的既得利益者的支持，而这些人都是私利当头的墙头草，早就改换门庭投靠了清廷，利益保住了没必要再跟着吴三桂造反。所以，吴三桂的反清注定要失败的。