番荔枝病害较少，主要有根腐病、枯萎病、蒂腐病。
1.根腐病和枯萎病根腐病，潮汕俗称“乌头病”，真菌性病害。受害植株上年秋冬未见病态，春梢萌发即表现叶片细弱发黄，严重的病株，叶缘焦枯，叶面可见黑褐色斑点。病株基部及根系皮层呈黑褐色腐烂。少量病株一边病态表现明显一边却近正常。因地下尚有少量近正常的根系在维持其生长，病株可存活数月，但已失去栽培意义。该病多发生于上年冬季有明显降雨和低温霜冻的年份。冬季湿冷型天气对番荔枝地下部危害较大，尤其是未封行的幼龄树和苗木。
枯萎病由真菌和细菌共同侵染所致。病株叶片呈失水凋萎状态，早晚和阴雨天可恢复正常，进而变褐枯死，发病至死亡时间较短、受害植株基部及根系呈黑褐色坏死。该病多发生于土壤黏性强或地势低洼、地下水位高并曾受积水浸渍的果园。根腐病和枯萎病均属土传性病害，也是制约番荔枝产业发展的最主要病害。
防治措施：（1）选择地势较高的园地或沙质壤土种植，改变传统的漫灌习惯，采用滴灌或喷灌设施，雨天做好排涝工作。
（2）植株基部禁施任何肥料。施用化肥容易伤害基部和根系，有机肥则吸引地下害虫聚集于基部啃咬根系造成伤口而引发病害。
（3）苗木种植时基部覆盖适量河沙。因遇大风雨天气苗木易遭受强烈摇撼造成基部皮层摩擦挫伤而引发病害，河沙能及时填充苗木基部摇晃产生的空隙，减少或避免苗木基部的机械损伤。用50%敌克松可湿性粉剂或40%五氯硝基苯粉剂拌适量河沙，趁小雨天气撒施于植株基部和根区。
（4）冬季全园撒施石灰消毒杀菌，抑制病菌滋生。
2.蒂腐病。该病为真菌性病害，多发于阴雨连绵的天气。台风过后高温高湿天气有利于病菌滋生和蔓延。主要侵害幼果，受害幼果初期呈水渍状暗绿色或黑褐色斑点，继之果皮完全失绿、变黑，成为不脱落的僵果。
防治措施：春季修剪后结合清园喷一次较高浓度的药剂，可用70%甲基托布津可湿性粉剂500倍，加50%硫黄悬浮剂300倍混合液。春梢萌发后每月喷1～2次杀菌药剂。梅雨季节和台风过后应抓住刚放晴的有利时机及时喷一次杀菌药剂。结合防治炭疽病和叶斑病可选用70%甲基托布津可湿性粉剂600～800倍加50%硫黄悬浮剂600倍混合液，或75%百菌清可湿性粉剂800～1000倍液、50%施保功可湿性粉剂1000～1500倍、58%雷多米尔·锰锌800～1000倍，全株均匀喷湿，尤其是幼果。