1996年，唐尧东开始担任辽宁青年队主教练，并在2001年率领球队获得乙级联赛亚军。辽宁青年队以葫芦岛宏运的名义参加2002赛季的甲B联赛，而唐尧东则继续担任球队主教练。2003年，中国足协要求葫芦岛宏运和辽宁队剥离，结果球队被转卖给南京有有，唐尧东只能赋闲在家。
2005赛季，唐尧东复出担任辽宁队助理教练，辅助主教练王洪礼。但新赛季辽宁队的表现不佳，7月3日，辽宁队主场1比1战平上海中邦的比赛后，辽宁队新任董事长赵本山宣布和王洪礼解约，由唐尧东接任球队主教练。辽宁队在唐尧东接手后成绩一直稳定在联赛中游水平。虽然2006年5月10日辽宁队主场1比1被西安国际逼平后唐尧东一度提出辞职，但在俱乐部和球员的挽留下他决定继续担任球队主教练。辽宁队在2006赛季和2007赛季分别排名联赛的第十二名和第九名，唐尧东也成为职业联赛以来连续执教辽宁队时间最长的一位主教练。但由于辽宁队大股东有意聘请外籍教练执教，于是在2007年12月30日宣布不再与唐尧东续约。
唐尧东很快接到另一支中超球队河南建业主教练贾秀全的邀请并和在2008年1月7日和建业队达成一致，开始担任球队助理教练，但6月15日，贾秀全辞去主教练职务，唐尧东也跟随他离开了俱乐部。在葡萄牙籍主教练卡西米罗入住河南建业后，建业队又邀请唐尧东回归担任球队的中方教练组组长，帮助卡西米罗熟悉球队情况。但在卡西米罗带领下，河南建业队的表现却不如人意，9月15日，在河南队遭受三连败后，俱乐部宣布卡斯米罗下课，由唐尧东担任球队主教练。
2009赛季，唐尧东继续担任建业队主教练。河南队在他的带领下表现出色，直到联赛最后一轮都保持获得联赛冠军的希望，虽然最后功亏一篑，但仍然获得联赛第三名的俱乐部历史最好成绩，河南建业历史上首次得到亚洲冠军联赛的参赛资格。由于唐尧东出色的执教能力，他被授予了2009赛季最佳教练员的称号。
2010赛季由于由于引援不佳，几次遭遇下课危机。并与赛季结束后离开河南建业队，结束了长达三年的执教生涯。
2011年，上调中国男子国家足球队技术委员会。
2011年7月，唐尧东再度出山，回到河南建业足球俱乐部担任中方教练组组长，辅佐主教练邦弗雷雷。
2012年4月19日，唐尧东正式出任中甲劲旅重庆力帆队主教练。
2012年11月30日，唐尧东正式出任河南建业队主教练。
2013年10月26日，唐尧东率领河南建业的在主场2-1击败天津松江后提前1轮获得本赛季中甲联赛冠军，并在降级仅一年之后成功重返中超赛场。
2014年5月28日，河南建业足球俱乐部官方微博宣布，同意主教练唐尧东辞职。
2015年12月13日起担任深圳足球俱乐部主教练。
