截至 2013 年，共有直属附属医院8所和非直属附属医院9 所，均为“三级甲等”医院。6 所附属医院共设病床 10060 张，全部为教学开放床位。在卫生部国家临床重点专科评审遴选中，该校各附属医院获得 27 个，其中附属第一医院以 17 个重点专科 位居全国前列。在复旦大学医院管理研究所发布的《2012 年度中国最佳医院排行榜》 中，该校附属第一、第二医院及儿童医院三所医院上榜。其中附属儿童医院的小儿内科 和小儿外科分别在《2012 年度中国医院最佳专科声誉排行榜》排名第 3、5 名，附属第 一医院神经内科、附属第二医院传染科、附属口腔医院口腔科获得最佳专科提名。医院开放床位10000余张，年门诊量790余万人次，年收治住院病人近39万人次。另有3所附属医院正在建设阶段。此外，有9所非直属附属医院和30多所教学医院分布在重庆、四川及深圳等地。
直属附属医院：重庆医科大学附属第一医院、重庆医科大学附属第二医院、重庆医科大学附属儿童医院、重庆医科大学附属口腔医院、重庆医科大学附属永川医院、重庆医科大学附属大学城医院、重庆医科大学附属黄水康复医院、重庆医科大学附属第三医院
非直属附属医院：重庆医科大学内江附属医院（内江市第一人民医院）、重庆医科大学涪陵附属医院（涪陵中心医院）、重庆医科大学北碚附属医院（重庆市第九人民医院）、重庆医科大学附属凉山临床学院（四川省凉山州第一人民医院）、重庆医科大学附属成都第三临床学院（成都市第二人民医院）、重庆医科大学附属成都市妇女儿童中心医院（成都市妇女儿童中心医院）、重庆医科大学附属深圳儿童医院（深圳市儿童医院）、重庆医科大学附属成都第一临床学院（成都军区总医院）、重庆医科大学附属成都第二临床学院（成都市三人民医院） 全国最佳医院排行榜医院名称2009年2010年2011年2012年2013年2014年附属儿童医院424049525757附属第一医院-5468706773附属第二医院--94848881
