日本一开始只有发音，没有汉字。等汉字传过去之后，他们才有了文字。所有他们的发音体系有两套，一套是和中文很像的叫做音读，采用汉字的音（日本人模仿中国人发出的所以有出入）、形、义。另一套叫做训读，只采用汉字的形和义，音是本土固有的。所以同样的表达一般会两种形式及念法。比如：使用（音读），使う（训读）。
再来说说文字。日语文字构成总共有三种：汉字、假名（平假名、片假名）、罗马音（罗马音一般只发音，不用来书写）。所以，通常来讲，用来书写的文字有三种，汉字、平假名、片假名。
汉字主要有两部分构成（日语里面这部分也叫汉字）：
1、从中国古代传过去的汉字（注意是古代，所以汉字书写大多还是繁体的）
2、造字：日本人根据中国汉字自己造的汉字，这些词是中文里面没有的。比如：峠、辻
平假名来源于中国汉字的草书。比如あ来源于安。
主要用来1、标注汉字发音 2、用作助词 3、和汉字混合构成一个词使用、比如：使う
片假名来源于中国汉字的偏旁。比如：イ、タ、ヌ
主要用来1、读写从西方传到日本的外来词。比如：start 日语写作スタート。
2、用作商标名、地名等等。比如：トヨタ（丰田）
罗马音主要是用来标注读音的。它和平假名标音的用法你可以这么理解：罗马音可以用来标注假名和汉字的发音，就像是中文的拼音一样。 平假名则也可以起到标音作用，只不过标注的是汉字的读音（套娃关系）。但是通常汉字的读音多用平假名标注。我个人认为是因为比较直观，因为有的时候，好几个罗马音才可以打出一个假名。比如：罗马音ma→ま（平假名）
PS：打字的时候，日式键盘既可以用假名来打出汉字，也可以用罗马音打出汉字。具体看习惯哪种。
以上，大概做了个解释，有不理解的追评吧。