历史上的明教起源于波斯的摩尼教，它是一个集基督教、袄教、佛教于一体的世界性宗教。明教的创教者摩尼生于公元216年，242年在巴比伦传教，277年被钉死在十字架上。摩尼的目标是要建立一个世界性的宗教，超越一切的宗教传统。摩尼声称自己是佛祖、琐罗亚斯德和耶稣的继承者，也是最后一位先知。
摩尼教认为在世界的一开始，就有光明和黑暗两个王国并存着，光明占据北、东、西三方，黑暗占据南方。黑暗王国到处充满烟火、闷气、飓风、污泥、毒水，由黑暗魔王统治，住着五类魔，整天沉溺在情欲、争吵之中。光明王国的最高统治者大明尊与黑暗魔王数次大战，双方势均力敌。黑暗魔王让恶魔生下了人类的祖先，因此人类是黑暗之魔的子孙，大明尊便派遣光明使者，用光明分子来拯救人类的灵魂。
唐高宗时期，摩尼教传入中国，被称为大光明教，简称明教。明教在中国的传播并不顺利，他们不得不假借佛教进行传播，唐玄宗曾下旨严禁中国人加入明教。不过明教在回纥传教顺利，被确立为国教；安史之乱后，回纥出兵协助唐朝击溃叛军，因此明都在中国开始广为传播。唐代宗大历三年，敕准回纥摩尼教徒在长安建摩尼寺--大云光明寺。
公元841年，唐武宗灭佛，由于回纥国势日微，明教在唐朝遭到严重打击，最终明教转入地下，成为秘密宗教。明教因相信黑暗就要过去，光明即将来临，故敢于造反，屡有反政府之举。北宋末年的方腊起义就是借明教的势力进行的。自北宋末年起，浙江、江西、安徽等地，皆曾发生明教造反之事。其后明教又与弥勒教、白莲社相结合，而演变成明代末年之白莲教。
元末明初，韩山童、刘福通起义，他们都受摩尼教的影响，均自称明王转世。元末农民大起义中的红巾军，多白莲教徒，首领韩林儿又称"小明王"，这个"明"又与明教有关。明教富有反抗精神：有宋一朝，明教反宋；终元一朝，明教反元；有明一朝，明教又反明。不过明朝之后，明教式微，白莲教兴起。
在金庸的武侠小说中，明教的最高领导是教主，教主之下有左右光明二使者，光明使者之下是四大护教法王，护教法王之下是五散人、五行旗。明教失势后，改组成为日月神教，在江湖上继续与正教人士相斗。