一、东疆产区
盛产棉花，但占地面积相对较少，以哈密、吐鲁番（托克逊县）这两大地区为主（是新疆通往内地的重要门户），种植历史悠久。
二、南疆地区
1、从和田、喀什、库尔勒到北疆的玛纳斯、阿克苏、乌苏、石河子、博尔塔拉均有大片棉田分布。
2、南疆是新疆棉花的主产区，尤其是阿克苏地区，它是我国比较适宜的植棉地区与长绒棉生产基地，目前的棉花产量约占新疆棉区产量的80%。
三、北疆产区
1、从首府乌鲁木齐向西，沿着天山支脉博罗科鲁山北侧至塔城地区乌苏市一带，棉花的种植面积约为1200万亩，在北部产区的占比达到80%左右。
2、从昌吉沿呼图壁县经玛纳斯县，一直到乌苏市一带，天山水的滋养让这片干旱地区的平原的种植条件较好，再加上光照充足，使得当地成为北疆主要的棉花产区。
四、地理优势
1、地形比较平坦，有利于棉花种植。
2、土质呈碱性，阳光充足，棉花的光合作用较充分，生长时间较长。
3、位于亚欧大陆内部，属于温带大陆性气候，多为晴朗天气，昼夜温差大。
4、南疆棉区≥10℃活动积温为4000-4500℃，无霜期为200-230天左右，年日照数为2800-3300小时，年日照率为60-80%，相较于长江流域和黄河流域高出10-20%。