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基因组序列分析
生物测序中的de novo genome assembly是什么意思
答:
但这是个相对的概念,比如如果有了人类基因组作参考,那拼chimpanzee的就不是de novo,而算ab initio。此外还会有人对测序的覆盖度(coverage)和测序的深度(depth)概念混淆。对于coverage,由于大片段拼接的gap(空白或者缺口)、测序读长有限、重复序列等问题的存在,测序
分析
后组装得到的
基因组序列
通常...
有
基因组序列
的情况下如何确定转录起始位点
答:
做blast后在基因组上选取上游的大概1000多个碱基,然后用软件
分析
,一般就找到转录起始位点了,转录起始位点也就在启动子位置。如果没有
基因组序列
,就比较麻烦,需要用染色体位移技术,先克隆到哪个序列,在用软件做分析。用软件分析后,还需要用实验验证,才能完全确定你需要的转录起始位点。
ITS
序列分析
的应用原理和主要步骤有哪些
答:
ITS区的可变性为物种鉴定提供了丰富的变异位点和信息位点,对ITS区进行PCR扩增、测序及
序列分析
后再设计特异引物,来诊断和检测植物病原菌以及植物类群等,已得到越来越广泛的应用。通过ITS序列的分析,还可以判断很多属、种之间的亲缘关系。主要步骤:首先是提取
基因组
DNA,然后通过引物扩增ITS序列,对于效果好...
为什么说16s是
基因组
学的黄金标准?
答:
16s 是指16条序列(sequences)的缩写。在科学领域,这个术语通常用于描述
基因组
学研究中的一种
分析
方法。首先,16s序列是指细菌和古细菌中的16s rRNA
基因序列
。这个基因序列在细菌中高度保守,是细菌分类和进化研究的重要工具。通过提取细菌样本中的DNA或RNA,科学家可以对16s rRNA基因进行测序,并通过比对...
全
基因组
和全外显子组测序的区别
答:
同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联
分析
(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位性状相关基因。随着测序成本降低和拥有参考
基因组序列
的物种增多,基因组重测序也成为育种研究中迅速有效的方法之一,在全基因组水平扫描并检测出与...
无参物种可以进行全
基因组
关联
分析
么
答:
同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联
分析
(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位性状相关基因。随着测序成本降低和拥有参考
基因组序列
的物种增多,基因组重测序也成为育种研究中迅速有效的方法之一,在全基因组水平扫描并检测出与...
基因组
学对生物学研究有什么影响
答:
对生物进行
基因组
学研究即对之进行核酸
序列分析
,方法是人工合成不同长度的成套DNA片段并以放射性元素等方式标记,各个人工合成片段起点碱基相同,终点不同,使DNA链中的每个核苷酸处都有DNA的断裂或终止,通过聚丙烯酰胺电泳,能够将相差一个核。基因差异表达可以做哪些生物学应用利用基因芯片研究干旱胁迫下...
人类
基因组
;单倍体基因组
答:
人类
基因组
计划研究的是人类基因组
什么是生信
分析
答:
生信
分析
的好处 1、研究生物
基因组
:生信分析可以帮助我们更好地了解生物基因组,从而深入了解生物体的结构和功能,包括DNA
序列
、RNA序列、蛋白质序列等。2、揭示遗传变异:生信分析可以揭示遗传变异,帮助我们了解特定基因或基因组的变化,并提供相关的生物信息,例如,分析突变引起的某种疾病。3、预测药物...
如何
分析
两个
基因
位点之间的joint effect?这两个位点都有统计学意义,一...
答:
做blast后在基因组上选取上游的大概1000多个碱基,然后用软件
分析
,一般就找到转录起始位点了,转录起始位点也就在启动子位置。如果没有
基因组序列
,就比较麻烦,需要用染色体位移技术,先克隆到哪个序列,在用软件做分析。用软件分析后,还需要用实验验证,才能完全确定你需要的转录起始位点。
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