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基因组序列分析
简述生物信息学在
基因组
学中的应用
答:
生物信息学在
基因组
学中的应用,是利用生物信息学的理论和技术,对基因组数据进行深入解析、整理和注释,从而帮助科学家更全面地理解基因的结构、功能和表达调控。1、基因
序列分析
序列比对,生物信息学通过对比不同物种或个体的
基因序列
,揭示序列间的相似性和差异性,为物种分类、进化研究提供依据。结构预...
基因组序列
比对算法介绍(一)
答:
重测序基因组数据比对,是指将测序仪下机fastq数据(NGS read
序列
,通常100-150bp),与人类参考基因组(reference)进行匹配,允许错配(mismatch),插入缺失(indel),目的是在参考基因组找到序列最相似的位置,通常是
基因组分析
(包括 variation calling,ChIP-seq,RNA-seq,BS-seq)流程的第一步。常...
什么是
基因
表达的系列
分析
?
答:
000个
分析
的基因中,发现有14个基因的表达依赖于P53蛋白,有3个基因的表达与P53蛋白的失活显著相关。Zhang等(1997)比较正常细胞和肿瘤细胞基因表达的300000个转录物发现:在分析的4500种转录物中,至少有500种在两种细胞组织中的表达有显著差异。第三,由于SAGE能够同时最大限度的收集一种
基因组
的基因表...
基因组信息学的全
基因组分析
答:
基因组全
序列分析
的第一步工作之一就是寻找
基因组序列
中的可翻译部分,即开放阅读框(ORF)。现有的方法之一是利用DNA序列上的转录和调节信号作为开放阅读框的识别标记。另一种方法是寻找与已表达序列标志(EST)具有相似性的核苷酸片段。对于真核生物的基因组,为了正确区分外显子和内含子,需与已有的cDNA序...
全
基因组
测序数据
分析
--导
答:
1、原始读数的质量控制 2、原始读取的预处理 3、预处理后读数映射到参考
基因组
4、映射后处理 5、映射读取的质量控制 6、变体调用 7、变体注释 8、变体过滤和优先级排序 原始测序数据中未识别的碱基、低质量的
序列
和污染物(如接头)会影响下游
分析
,从而导致错误的结果和结论。
什么是
基因组序列
答:
人类
基因组
:指人体DNA分子所携带的全部遗传信息。由24条双链的DNA分子组成(包括1~22号染色体DNA与X、Y染色体DNA),上边有30亿个碱基对,30多亿个碱基对构成的人类基因组精确测序,发现所有人类基因并搞清其在染色体上的位置,破译人类全部遗传信息。30亿个碱基对,太庞大了,无法精确的告知你
序列
是...
简述
基因组序列
的组成
答:
简述
基因组序列
的组成如下:1、GSDB是基因组序列数据库(Genome Sequence Data Base),由美国新墨西哥州Santa Fe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息,以满足基因组测序中心需要。2、该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式,大规模测序机构可以通过计算机网络向服务...
基因组序列
测定的原理
答:
Sanger法测序 原理:利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定
序列
模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸...
基因
一级结构解析技术有哪些类型
答:
3. PCR技术:通过引物扩增目标区域的DNA序列,以便进行检测和分析。4. 基因芯片技术:利用微纳技术将数千甚至数百万个核酸探针固定在一个芯片上,用于检测和定量DNA序列。5. 单细胞测序技术:利用微流控技术、单细胞操作技术、NGS技术等多种手段,对单个细胞的
基因组
进行
序列分析
。这些技术在不同的情况...
基因序列
是什么?
答:
生物信息学的研究重点主要体现在
基因组
学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发,
分析序列
中表达结构和功能的生物信息 。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析, 也就是研究新的计算机方法, 从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。而在
序列分析
中, 将未知序列同...
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