满洲八旗共有镶黄，正黄，正白，正红，镶白，镶红，正蓝，镶蓝八个部分。八旗是按照五行设计的，驻防、攻城、列队也同样是按照五行相克，八旗没有高低之分，只是后来皇帝亲领镶黄旗、正黄旗，正白旗，所以有了上三旗之说。
清太祖努尔哈赤最早凭父亲遗留的13付铠甲起兵，征服家乡周围的满族部落建立了一旗部队（黑旗），后来又接收了邻近的一大批部落组成新的一旗（红旗），努尔哈赤将自己原有的部队（黑旗）交给兄弟舒尔哈齐，自己统帅新建的一旗（黄旗），以后他收编了实力曾经很大的满族哈达部，哈达部很大，不能编入原来两旗，所以另建了第三旗（白旗），白旗旗主（成为贝勒或王）是努尔哈赤的长子褚英。以后由于权力斗争，舒尔哈齐和褚英先后被杀，白旗被一分为三：正蓝旗（21个牛录，这个数字全是满族牛录，以下同），旗主是努尔哈赤的第五子莽古尔泰，他以凶猛著称，皇太极曾以莽古尔泰杀死自己的母亲来说明他的残暴。正白旗（18个牛录），旗主是努尔哈赤的第八子皇太极。镶白旗（15个牛录），旗主是褚英长子杜度。黑旗被一分为三：正红旗（25个牛录），旗主是努尔哈赤的次子代善，镶红旗（26个牛录），旗主是代善长子岳托，镶蓝旗（33个牛录），旗主是舒尔哈齐的儿子阿敏，他被皇太极杀掉后旗主改为舒尔哈齐的儿子济尔哈朗；努尔哈赤自己统帅的黄旗也分为二旗：正黄（45个牛录）和镶黄旗（20个牛录），开始努尔哈赤自己亲统两黄旗，晚年将亲统两黄旗的大部分分授同母的三个幼子（阿济格，多尔衮和多铎），每人15个牛录，其余自己统帅作为亲军，他有个明确的指示：阿济格是镶黄旗旗主，多铎是正黄旗旗主，将来自己死后，自己统帅的亲军全给多铎，但将另赐一旗给多尔衮。有的历史学家认为这是他明确立多尔衮作继承人的公开宣示。
因为这种分配方案使得同母三兄弟阿济格，多尔衮和多铎所统帅的军事力量占有很大的优势。没有一个其他兄弟可以和他们相比。但这种溺爱可不好玩，它也使其他兄弟（努尔哈赤有十六个儿子）团结起来反对同母三兄弟阿济格，多尔衮和多铎。此时多尔衮和多铎一个9岁，一个8岁，哪里是骁勇善战，凶狠残暴的哥哥和侄子的对手。努尔哈赤去世时，他已经将镶白旗旗主杜度调到镶红旗，准备以此旗给多尔衮。
努尔哈赤刚死，儿子们就开始争夺皇位。由于前述的原因，同母三兄弟阿济格，多尔衮和多铎失败，母亲被杀，多尔衮没有得到皇位，但保住了自己的15个牛录，并依附在兄长阿济格的旗下，反而是实力倒数第二的正白旗旗主皇太极当上了皇帝，而且皇太极趁机占有了镶白旗，以自己的儿子豪格作了旗主，为了当皇帝名正言顺，将正白和镶白旗改名为正黄和镶黄旗，说他改领正黄和镶黄旗是不正确的，原来的正黄和镶黄旗各有上司，他无法夺过来，别的旗主也不会同意。不但不能夺，皇太极还当众发誓不能随便没收其它旗主的部下牛录，即使旗主有罪被罚交出部下牛录，交出的牛录也只能在本旗内分配给其他领旗贝勒。
前面的叙述已经提到这时的正黄和镶黄旗是实力最小的两旗。所以皇太极还不能南面称尊，为所欲为。为了壮大实力，压住强横的兄弟们，雄才大略的皇太极不但没有杀掉同母三兄弟阿济格，多尔衮和多铎，反而极力拉拢这三个小兄弟，因为他们统领的正白和镶白旗（原来的正黄和镶黄旗）实力强大，尤其多铎继承了父亲的亲军之后，成为实力最大的正白旗主，但他只是一个11岁的孩子。以后皇太极采用计策先后杀掉了镶蓝旗主阿敏和正蓝旗主是莽古尔泰，吞并了正蓝旗，将正蓝旗和自己的正黄旗混编后再一分为二，组成新的正黄和镶黄旗，由自己亲自统帅，从中还分出一部分牛录实力给自己的儿子豪格壮大实力，豪格的镶黄旗被改名为正蓝旗，改动的结果还是新的镶黄旗实力最小。为了巩固地位，皇太极对正白和镶白旗采用分化的办法，先是废掉年长战功高的阿济格的旗主地位，用14岁的少年多尔衮作镶白旗主，当多尔衮和多铎长大成人后，又找岔子将正白和镶白旗混编，以多尔衮作正白旗主，多铎作镶白旗主。但这时由于历史的渊源，正白和镶白旗还是比较团结的，而且实力是八旗的第2和第1位，多铎统辖的牛录太多，他到哪一旗，该旗就是八旗的最大一旗，皇太极死时，正是他的家天下计划进行到最关键的时刻，他和他的儿子豪格一共有117个牛录，是八旗的第一大势力，三兄弟阿济格，多尔衮和多铎则有98个牛录是是八旗的第二大势力，老代善（他儿子岳托已死，所以代善辖两红旗）和济尔哈朗则有96个牛录是八旗的中间势力。
正黄旗并不是努尔哈赤亲统的部队
