益生菌冻干粉和非冻干粉的区别如下：
1、制作工艺：
冻干粉采用冷冻干燥技术，益生菌这种干燥热敏性制品和需要保持生物活性的物质，冷冻干燥技术对生物组织和细胞结构特征的损伤较小，使其快速进入休眠状态，有效保护了益生菌这类许多热敏性制品有效成份的稳定性。
非冻干粉采用低水活度保护技术，将益生菌中的自由水分降到最低，使其只能维持最基本的生命活动甚至是休眠的状态。用亚麻籽油包裹增强益生菌的活性。
2、菌种：
冻干粉采用台湾进口乳双歧杆菌菌种，台湾菌种在国际上都具有一定的知名度，台湾酵素、益生菌等微生物研究都是比较好的。所以菌种效果以及菌种的存活率都是比较高的。
非冻干粉采用了三联菌种（鼠李糖乳杆菌、乳双歧杆菌、干酪乳杆菌），都是现在研究比较广泛，使用比较多，效果比较好的菌种。
3、菌种数量：
冻干粉的菌种数量为每包100亿，非冻干粉的菌种数量为每包30亿。