祖姓氏的起源包含多个渊源，首先，它源于子姓，起自商王朝王族，以先祖名字为氏。商汤的后代如祖乙、祖辛等，其中祖乙，庙号子滕，以其杰出贡献而闻名，他的励精图治使商王朝一度中兴。祖氏的世系追溯至少典，通过多位商王朝君王，直至商汤的后代祖己，这是姓氏学界普遍认可的祖氏始祖。
在商汤时期，左相仲虺的后裔中出现了祖己，他在商王朝担任宰相。据史书记载，子姓的祖氏家族可以追溯到殷商时期，尤其是祖已，他以“道训谏王”著称，其家族得姓历史已有三千多年。祖氏家族最初发源于涿郡，是古老的姓氏之一。
另一个渊源是蒙古族，蒙古族中的各根义召日氏，作为守陵者的姓氏，源于对先祖陵寝的尊称。明朝时，有蒙古族族人将此姓氏汉化，改姓为祖氏。
满族也有祖姓的来源，如萨克达氏和组佳氏，他们原本的满语姓氏经过汉化，冠以祖氏等汉姓。这显示了满族在历史上的文化交融和汉化过程。
此外，彝族、东乡族、傣族、苗族等少数民族也有祖氏族人，他们的姓氏大多是在历史上的羁糜政策和改土归流运动中由原来的民族姓氏汉化而来。
祖姓出自子姓，起源于商朝。黄帝的后裔。始祖为祖已。祖姓在宋版《百家姓》中排序为第二百四十九位。当今祖姓人口在中国大陆和台湾都没有列入前三百位。主要名人有祖逖、祖冲之等。