诸暨市交通运输局设有多个职能科室，以确保高效运营和管理。首先，办公室负责局机关的日常协调工作，包括文秘、会务、信息、信访、资产管理、后勤保障和安全保卫等，并负责处理人大、政协的意见建议和提案。同时，它还指导全局的卫生、精神文明、计划生育、妇女和工会事务，以及行风建设的监督工作。
组织人事科负责局属单位领导班子的考核、选拔和管理工作，处理党务工作，以及机构编制、人事、劳动工资、劳动保护和保险等事务。此外，它还负责职称评聘、岗位培训、共青团和离退休人员管理工作。
建设管理科（工程建设养护科）负责全市交通建设规划和实施，参与项目设计审查和竣工验收，管理招标、质量监督和定额工作，监督公路养护项目，推动交通科技项目和成果的应用，以及交通基础设施市场的培育和管理。
计划财务科负责行业规划、项目评估、外资管理、综合统计、规费管理和资金筹集，审核财务决算，组织财务检查，监督经费使用，并进行财务审计。
企运法安科则关注客货运输，协调重大运输任务，执行运价政策，管理运输行业，确保运输公平竞争，参与安全管理和法制工作，负责规范性文件的起草和执法监督。
交通战备办公室负责国防动员工作的实施，制定战时交通通信保障计划，指导战备队伍建设，确保军事行动的交通支持。
最后，局人民武装部在上级指导下，负责民兵组织建设和武器装备管理，民兵政治教育，战备和治安任务，以及兵役登记等工作，并在战时组织动员民兵支援前线。