中山市国家税务局设置稽查局、车辆购置税征收管理分局、直属税务分局3个直属机构，稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局、直属税务分局级别为正科级；另设4个跨区稽查局，级别为正科级。
（一）稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作，负责市局直属税务分局的稽查业务。
稽查局设8个内设机构（副科级），分别是：办公室、综合选案科（含举报中心职能）、检查一科、检查二科、检查三科、检查四科、案件审理科、案件执行科。
（二）车辆购置税征收管理分局?
组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；承担车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。
车辆购置税征收管理分局设4个内设机构（正股级），分别是：办公室、税政股、税源管理股、办税服务厅。
（三）直属税务分局
承担石岐区、东区、西区和五桂山办事处纳税户的纳税申报核实、税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务及税款催报催缴、一般性违规违章行为处理等工作。
直属税务分局设7个内设机构（正股级），分别是：办公室、税政股、税源管理一股、税源管理二股、税源管理三股、税源管理四股、办税服务厅。
（四）第一稽查局
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作；负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合；负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作；承办领导交办的其它工作。
（五）第二稽查局
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作；负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合；负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作；承办领导交办的其它工作。
（六）第三稽查局
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作；负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合；负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作；承办领导交办的其它工作。
（七）第四稽查局
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作；负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合；负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作；承办领导交办的其它工作。
全市范围内的选案、审理、执行、举报中心等职能由市局稽查局统一负责，跨区稽查局均设4个内设机构（正股级），分别为：检查一股、检查二股、检查三股、检查四股。
