1、办公室 主要职责：协助局领导处理机关日常事务并做好各职能科室之间的工作协调。起草全局综合性文件。对重大问题和有关政策进行调查研究。所有局里的各种重要事物。
2、工务科 主要职责：按照黄、沁河规划的统一安排，研究制订焦作市黄、沁河水利发展的中长期计划。负责焦作市所有行政区域内黄、沁河河道、堤防、险工、涵闸、控导等防洪工程和设施的统一管理和维护。配合水政科对河道内非防汛建设项目进行审批，负责有关技术审查工作。承办局领导交办的其他工作。
3、防汛办公室 主要职责：负责焦作市黄、沁河防汛的管理，指导、协调、督查焦作市黄、沁河工作，承办防汛日常工作，掌握防汛动态，对防汛中出现的问题提出处理意见。督促检查行洪障碍的清除。协助财务科编制年度防汛经费预算，提出防汛经费的使用意见。承办局领导交办的其他工作。
4、水政与水资源管理科（水政监察支队）主要职责：负责《水法》、《防洪法》、《河道管理条例》等法律、法规的宣传、贯彻、实施和检查。负责管理范围内的水行政执法、监察和复议工作，查处水事违法行为。负责《黄河下游水量调度工作责任制》的贯彻落实。组织或指导涉及黄、沁河河道管理范围内建设项目的水资源论证工作。在授权范围内组织实施取水许可制度、水资源费征收制度，保护和利用黄、沁河水资源，承办局领导交办的其他工作。
5、科技与信息管理科 主要职责：制定治黄科技发展规划、年度计划、负责“数字黄河”工程的规划及建设管理工作，负责全局办公自动化系统的规划、建设与管理。组织收集整理科技情报、资料，交流科技论文。承办局领导交办的其他工作。
6、财务科 主要职责：负责编制和下达部门预算及财务收支计划。对各项资金使用及管理工作进行检查、监督，指导局属单位管好用好各项资金。负责全局事业、企业、基建会计核算工作，编制各类会计报表。负责防汛物资设备的管理。承办领导交办的其他工作。
7、审计科 主要职责：按照法律、法规和有关规定对各种投资计划、经费预算执行、国有资产的管理及营运效率、成本及利润核算、债权与债务的清理、专项资金的提取和使用情况等进行审计监督。建立和完善各项内审规章制度，对局属各单位内部审计工作进行指导并进行监督检查。承办局领导交办的其他工作。
8、劳动人事科 主要职责：负责局机关和局属单位的职能配置、机构编制、领导职数和人员编制的管理工作。负责局中心组的学习。负责局管各级领导班子建设，局管干部的考核、任免、奖惩、交流和后备干部培养、考核、选拔、推荐等工作。编制全局职工教育发展规划、计划、制定职工教育管理规定，组织职工学历教育、岗位技术培训和在职职工继续教育等工作。承办局领导交办的其他工作。
9、离退休职工管理科 主要职责：贯彻执行国家有关的政策规定，对全局离退休职工工作进行管理。具体负责局机关离退休职工管理与服务。督促、落实离退休职工的政治、生活待遇，组织离退休职工继续发挥作用。协同有关部门做好离退休职工的遗嘱工作。负责离退休职工的信访、接待、年报统计以及老年公共设施的管理工作。
10、监察科 主要职责：负责全局纪检、监察工作的宏观管理和业务指导。对贯彻执行党的路线、方针、政策和决议以及国家法律法规、政策、决议和命令的情况监督检查。履行教育、保护、监督和惩处职能。受理对违反党纪、政纪行为的检举、控告。对违法违纪行为进行调查、处理。受理监督对象对所受处理不服的申诉。协助局党组搞好全局的党风廉政建设。负责局纪检组的日常工作。承办局领导交办的其他工作。
11、直属机关党委（精神文明建设指导委员会办公室）主要职责：负责宣传贯彻党的路线、方针、政策和上级党组织的决议、指示。
12、焦作黄河公会 主要职责：贯彻落实《工会法》，对系统内工会工作进行指导，发挥桥梁纽带作用。
