在突发公共卫生事件中，卫生行政主管部门起着关键作用。一旦事件发生，他们将组织专家对事件进行综合评估，初步判断类型并提出启动应急预案的建议（第二十六条）。
全国或跨省份的应急预案启动需经国务院卫生部门报批，地方则由省级政府决定并报告（第二十七条）。应急处理指挥部负责监督指导，地方政府及其相关部门需配合（第二十八条和第二十九条）。
省级以上的专业技术机构负责事件的技术调查、处置等，国务院卫生部门有权宣布新发传染病为法定传染病（第三十条）。预案启动前，各级政府需做好准备并采取应急措施（第三十一条）；启动后，各部门需服从指挥部统一指挥，确保医疗物资供应和人员疏散（第三十二条至第三十三条）。
医疗机构需提供救治服务，确保卫生防护，传染病病人接触者需配合医学观察（第三十四至三十六条）。对国境口岸及入出境人员，交通工具等的传染病控制措施，需遵循特定法规（第三十九条）。
在疫情爆发时，社区需协助卫生部门进行疫情信息收集和防控工作，流动人口管理也尤为重要（第四十条和第四十一条）。救治资金由政府提供，确保受影响人员得到及时救治（第四十三条）。
《突发公共卫生事件应急条例》是依照《中华人民共和国传染病防治法》的规定，特别是针对2003年防治非典型肺炎工作中暴露出的突出问题制定的，为抗击非典型肺炎提供了有力的法律武器。《突发公共卫生事件应急条例》着重解决突发公共卫生事件应急处理工作中存在的信息渠道不畅、信息统计不准、应急反应不快、应急准备不足等问题，旨在建立统一、高效、有权威的突发公共卫生事件应急处理机制。《突发公共卫生事件应急条例》的颁布实施是中国公共卫生事业发展史上的一个里程碑，标志着中国将突发公共卫生事件应急处理纳入了法制轨道。