李自成带领起义军攻入北京，建立大顺朝，自以为江山稳固，却不想吴三桂引清兵入关，李自成大败，只得领兵退出北京，转战陕西、湖北等地，后来不知所终，对于李自成的生死，后来一直流传了很多版本。
明史记载：自成已死，尸朽莫辨。清朝将军阿济格曾上报朝廷，李自成兵力殆尽，仅仅带了不过二十余人逃入九宫山中，被村名围困之后，不得已自缢而死。后来阿济格曾派人前去查看，只是当时尸首已毁，面容无法辨认。而当时南明王朝驻湘将领兵部尚书何腾蛟给唐王的报告称，他的部众已将李自成斩于九宫山下，只是丢了首级。但是，这个“遇难”说却难以令人相信。因为李自成雄才大略，骁勇非常，一直是官府的死敌。
除此之外，还流传着这么一个说法，李自成在夹山寺隐居。为什么会有这么一个说法？据说当时清朝初年，正赶往云南上任的张琼伯，曾游访夹山寺，与寺中方丈讨论古今，觉得这方丈谈吐不俗，两人极为投缘，视为知己。
几年后，张琼伯再上夹山寺，闻知方丈已死，颇为伤心。
从弟子的口中，张琼伯竟得知一个惊人的消息，死去的方丈便是李自成！弟子告诉张琼伯，李自成并没有死在在九宫山上，死的不过是他的部将孙某。
后来到了乾隆初年，澧州知州何某也觉得有些好奇，曾亲自来到夹山寺调查李自成的下落，在寺中他亲眼见过一幅李自成的画像，据称，叫“奉天玉和尚”。1981年，在石门夹山寺发现了奉天玉大和尚墓。据考查，在一个瓷坛中盛的遗骨，与李自成身材相近。墓中陪葬物与李自成家乡陕西米脂县的习俗相同。但这种说法还是有些反对的意见。
有人说，奉天玉大和尚墓等地发现，只能说明石门夹山寺确实有奉天玉大和尚这个人，并不能证明奉天玉大和尚就是李自成。又有人说，李自成生前左眼曾受箭伤失明，但李自成画像却双目炯炯有神，以此证明，奉天玉不是李自成。因而，李自成隐居于夹山寺一说，也成不了定论。总而言之，李自成的生死之谜一直是史学界争论不休的问题。