根据上述职责，市卫生局设11个内设机构。 （一）办公室。综合协调机关政务和行政事务工作；负责重大卫生政策、重要政务工作和领导批示办理事项的督促查办；负责综合文稿、新闻宣传、政务公开、文电处理、政务信息、会务组织、机要保密、档案管理、信访接待、安全保卫、值班等工作；组织办理人大代表建议和政协委员提案；负责管理机关电子政务、卫生信息化工作和网站建设；综合协调机关局属事业单位安全生产监管工作。
（二）人事科。组织拟订全市卫生人才发展规划和措施并组织实施；指导卫生事业单位人事制度改革；负责局属事业单位领导班子和干部队伍组织建设；负责市属事业单位高级知识分子的管理和卫生系统学科带头人的选拔、培养工作；组织指导卫生管理干部岗位培训工作；负责市直医疗卫生单位的人事和机构编制管理工作；会同有关部门负责各类卫生专业技术人员职称晋升资格的初步审核工作；组织开展卫生系统的全市性表彰工作。
（三）规划财务审计科。拟订全市卫生事业发展规划，统筹规划与协调全市卫生资源配置，指导区域卫生规划的编制实施和评价工作；指导规范全市卫生系统财务、资产管理和内部审计；提出医疗卫生服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策、制度标准和定额的建议；拟订药品、医疗器械和卫生材料采购相关规范；监督管理市直卫生单位的国有资产；负责市直医疗卫生单位的财务、基本建设、大型医用设备的管理和内部审计；指导全市大型医用装备报审工作；负责全市卫生统计管理工作；负责机关财务和国有资产管理工作；协调国外卫生贷款（赠款）的引进利用和偿还工作。
（四）疾病预防控制科（地病办）。拟订全市重大疾病防治规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；拟定传染病、地方病、职业病和慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划并组织实施；组织落实国家免疫规划及政策措施；制定公共营养规划，管理营养性疾病的防治工作；完善重大疾病防控体系，预防和控制疾病的发生和疫情的蔓延。承担地方病、艾滋病防治的具体工作。
（五）医政科。拟订落实并组织实施全市医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规划、规范、标准；建立医疗质量管理控制体制和体系；负责采供血及临床用血监督管理；承担全市公民无偿献血日常工作。承担医疗机构医疗服务的监管工作，指导医院药事管理、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；组织开展医疗质量、安全、服务、监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。组织实施国家药物政策和基本药物制度;组织落实国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施；负责基本药物制度推广宣传教育工作。
（六）食品安全综合协调与卫生监督科。承担食品安全综合协调工作；组织查处食品安全重大事故；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；承担重大食品安全信息发布工作；指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生和消毒产品、饮用水卫生安全产品的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场；组织查处违法行为；组织查处重大医疗卫生违法案件。承担规范性文件的合法性审核工作；主持重大行政处罚和行政许可事项听证；承担行政复议和行政应诉工作；组织开展法制宣传教育工作。 （七）科技教育科。拟订医药卫生科技发展规划并组织实施；组织实施医药卫生科研攻关项目，指导医药卫生科技成果的推广和应用工作；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；拟订医学教育发展规划并组织实施；负责成人医学教育管理工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作。
（八）妇幼保健与社区卫生科。拟订全市妇幼卫生、社区卫生、健康教育的规划、措施规范并组织实施；指导并组织落实妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。承担全市农村基本卫生保健和新型农村合作医疗综合管理工作；指导全市农村卫生服务体系建设和乡村合作医疗的政策落实、运行监管。
（九）中医管理局（正科级）。组织实施中医医疗、保健、康复、护理及临床用药等方面的管理规范和技术标准，管理各类中医、中西医结合机构，对其他医疗机构的中医业务进行指导。负责中医、中西医结合医疗机构的审批注册和中医、中西医结合医疗机构执业医师、护士执业注册。负责中医、中西医结合医疗机构相关技术准入、中医医疗事故的鉴定和中医医疗广告的审核工作。拟订中医药科技发展规划并组织实施。组织中医药重大科研课题的协作攻关和重大科技成果的鉴定和推广；组织中医药学术交流和科技合作；会同有关部门制定和组织实施中医药教育及人才队伍建设的规划。
（十）卫生行政审批科。受理、审批公共卫生许可、医疗机构执业许可、执业医师、执业护士注册、外籍医师在华短期执业许可。依法受理、审核职业病危害严重的建设项目的防护设施设计竣工验收审查；负责医疗机构和医疗广告的审核。
（十一）卫生应急办公室。拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织协调对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织对突发急性传染病防控和应急措施的实施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援。
离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作，指导局属单位的离退休干部工作。
