即为食物的化学分解。
(1)唾液腺 唾液腺分泌唾液，唾液中含有唾液淀粉酶及溶菌酶。唾液淀粉酶能将淀粉消化成麦芽糖。但食物在口腔中停留时间很短，淀粉酶不能发挥很大作用。很多肉食性哺乳动物，如狗的唾液中不含淀粉酶。
(2)胃腺 胃腺分泌胃液对食物进行初步消化。胃液为无色酸性(pH 0．9—1．5)液体，含有盐酸、胃蛋白酶原等。盐酸由胃壁细胞所分泌，其主要作用为：激活胃蛋白酶原成胃蛋白酶，并为蛋白质分解提供酸性环境；使蛋白质变性易于分解；杀菌；促进促胰液素释放，从而促进胰液、肠液和胆汁的分泌；促进铁、钙的吸收。胃蛋白酶原由胃底腺的主细胞合成，以无活性的酶原形式分泌，然后被盐酸激活成有活性的胃蛋白酶。主要作用是：作用于蛋白质及多肽分子中含苯丙氨酸、酪氨酸的肽键分解蛋白质，主要产物为朊、胨。
(3)肝脏 肝脏分泌胆汁。胆汁中不含消化酶，是—种含有胆盐、胆色素和胆固醇的混合液。其作用主要表现为胆盐的作用：乳化脂肪，促进脂肪消化；促进脂肪酸及脂溶性维生素的吸收；防止胆固醇沉积。胆固醇沉积是形成胆石的原因之一。胆色素和胆固醇对消化没有什么作用。
胆盐是极性分子，一端为亲水的羟基，一端为亲脂的固醇类化合物，肠内的脂肪滴为胆盐分子所包围，胆盐分子的亲脂端和脂类分子结合，而亲水端则暴露在肠管内的水液中。这样就使各脂肪滴彼此隔离而不致融合成为大团，形成水溶性的小滴，这就是胆汁的乳化作用。
(4)胰腺 胰腺分泌胰液，胰液含有多种酶，能消化糖类、脂肪和蛋白质。此外，胰液中还含有消化核酸的酶。
①胰淀粉酶：食物中的淀粉主要是靠胰淀粉酶水解成双糖的。
②胰蛋白酶和胰糜蛋白酶：和胃蛋白酶一样，这两种酶也不能把肽链水解为单个的氨基酸，只能切断某些特定氨基酸形成的肽键。胰蛋白酶和胰糜蛋白酶刚分泌出来时是没有活性的胰蛋白酶原和胰糜蛋白酶原。小肠腺能分泌肠激活酶，胰蛋白酶原在小肠中遇肠激活酶即转化为胰蛋白酶，而胰糜蛋白酶原遇胰蛋白酶即被激活而成胰糜蛋白酶。
③羧基肽酶和氨基肽酶：胰蛋白酶、胰糜蛋白酶和胃蛋白酶都只能切开肽链内部的键，不能切开肽链末端的键，这一类蛋白质酶统称为肽链内切酶。羧基肽酶和氨基肽酶能分别从肽链的羧基末端和氨基末端按顺序一个一个地将氨基酸切下来，因而它们的作用是把蛋白质的肽链彻底水解为氨基酸。这两种酶称为肽链外切酶。
④脂肪酶：脂肪乳化后，经脂肪酶的作用，一部分分解成甘油和脂肪酸而为肠壁细胞所吸收。其余部分不被消化，或只有一两个脂肪酸脱落下来，而成二酸甘油酯或一酸甘油酯。消化产生的脂肪酸也是极性分子，它们也可与脂肪、—酸甘油酯和二酸甘油酯结合形成水溶性的小团粒。这些小团粒可以继续被消化，也可直接通过肠壁细胞的内吞作用(胞饮作用)而进入细胞。在细胞中，甘油和脂肪酸再结合而成脂肪，这些脂肪和直接进入细胞的脂肪进入肠管中的淋巴管(乳管)而被运走。甘油、脂肪酸和短链脂肪分子也可进入血管运走。
(5)小肠腺 这是分散在小肠绒毛基部的消化腺，数量很多，能分泌消化蛋白质的酶和消化糖类的酶。胰液虽含有羧基肽酶，但小肠腺才是肽链外切酶的主要来源。此外，小肠腺还分泌多种其他肽链外切酶。如氨基肽酶，能从肽链的氨基一端把氨基酸依次切下来；肽酶，能将二肽水解成2个单氨基酸。
小肠腺还分泌消化双糖的酶：蔗糖酶使蔗糖水解成一个葡萄糖和一个果糖，乳糖酶使乳糖水解为一个葡萄糖和一个半乳糖，麦芽糖酶使麦芽糖水解为2个葡萄糖。
