中国互联网协会海峡两岸互联网交流委员会的领导机构由多位资深官员担任重要职务。名誉主任委员叶克冬，现任中央台办、国台办副主任，为委员会带来深厚的政策背景和丰富的两岸交流经验。中国互联网协会的理事长胡启恒担任主任委员，他的领导对于协会的发展具有关键作用。
主任委员龙明彪是中央台办、国台办主任助理，他的职责涉及两岸互联网交流的策略制定和执行。副主任委员阵容包括杨毅，作为中央台办、国台办宣传局局长，负责宣传工作的协调；仇开明，信息中心主任，确保信息交流的顺畅；范丽青，副局长，是宣传工作的关键人物；郭利群，国务院新闻办公室六局（港澳台局）副局长，为两岸新闻合作贡献力量；方楠，国家互联网信息办公室网络新闻协调局副局长，负责网络新闻的管理工作。
秘书长刘晓辉身兼数职，既是中央台办、国台办信息中心副主任，又是中国台湾网的总经理兼总编辑，他的角色在协调协会与网络平台间的关系上举足轻重。副秘书长蔡笃满，作为宣传局宣传处处长，确保了委员会宣传工作的高效进行；冉晓燕，作为中国互联网协会业务部主任，负责协会的日常运营和业务发展；黄建文，中国台湾网的副总经理，为网络平台的运营和发展提供了支持。
中国互联网协会海峡两岸互联网交流委员会。委员会为中国互联网协会下属非独立法人的二级分支机构，是由大陆互联网行业从事和热心于海峡两岸互联网交流的相关企业、事业单位，政府部门和社会团体自愿结成的非营利性的社会组织。联系海峡两岸互联网业界与业者，为成员的需要服务，为加强两岸互联网行业的交流与合作服务，为促进两岸社会、经济、文化的发展服务，为提升两岸同胞的福祉服务。