有区别。主要区别是，性质不同、分类不同、作用不同，具体如下：
一、性质不同
1、食物
食物是指能够满足机体正常生理和生化能量需求，并能延续正常寿命的物质。对人体而言，能够满足人的正常生活活动需求并利于寿命延长的物质称之为食物。
2、药物
药物是用以预防、治疗及诊断疾病的物质。在理论上，药物是指凡能影响机体器官生理功能及细胞代谢活动的化学物质都属于药物的范畴。
3、毒物
指在一定条件下，较小剂量就能够对生物体产生损害作用或使生物体出现异常反应的外源化学物称为毒物。
二、分类不同
1、食物
食物可分为碱性食物和酸性食物两个大类，人们进食必须酸碱食物搭配才能维持体内血液酸碱度即PH值的平衡。所谓酸性和碱性食物，并非由口感或味觉来识别，主要是看食物被机体吸收氧化后所蕴含的化学元素来作为鉴别的依据。一般含氮、硫、磷等非金属元素较多的则为酸性食品，而含钠、钾、钙、镁等金属元素较多的是碱性食品。
2、药物
依照法律药物及国际上分类管理分为两类：处方药物及非处方药物(OTC)。处方药物指那些考虑到医疗安全只能在医疗监护下使用的药物，必须由执业医师出具书面处方(例如内科医生、牙科医生或兽医)。非处方药物指那些不用医疗监护即具相当安全性的药物，可在无处方情况下由药店直接出售。
3、毒物
在法医学上，根据鉴定目的不同，毒物分类方法也不尽一致，如在分析中毒症状及病理变化时，常采用按毒理作用分类；在进行毒物化学分析时，常采用按毒物的化学性质分类，为追溯毒物来源、用途及其对机体的作用时，则多采用混合分类。
三、作用不同
1、食物
食物能够藉进食或是饮用，为人类或者生物提供营养或愉悦的物质。
2、药物
治疗疾病。
3、毒物
与机体接触或进入机体后，能与机体相互作用，发生物理化学或生物化学反应，引起机体功能或器质性的损害，严重的甚至危及生命。
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