南方有蹄目的兴衰已经历了5000多万年的历史。在白垩纪或稍后,它们可能已从踝节目古老祖先中分化出来,但迄今还无中间环节证实。从已发现的化石看,南方有蹄目的辐射与分布在新生代各时期有变化。最初,距今5500万年前后,大多数成员体形较小,齿冠低结构原始。虽然数量和种类不多,但分布地区极广,如阿根廷、巴西、哥伦比亚、美国、中国和蒙古都有它们的足迹,一般生活在炎热的半干旱林中空地。到距今500万年前的渐新世和中新世,南方有蹄目的进化达到了顶峰。这时,种类繁多,多数成员结构特化,体形增大,脚趾减少,牙齿一般趋向高冠,并有复杂的纹饰。分布地区缩小。自中新世以后,种类急剧下降;在濒临绝灭前只残存几属。有人认为,在新生代大部分时间内,南美洲处于隔离状态;只是在第三纪后期,它可能通过博利互尔海沟与北美时而有过联系。而这时,某些凶猛的食肉类和进步的奇蹄类从北方大陆入侵,大大影响了南方有蹄类的生存和发展。
20世纪初在北美发现了北柱兽,又在蒙古发现了古柱兽。1966年,中国首次在新疆发现了东方柱兽,以后30年来,陆续在华南和内蒙古等地发现了一群原始而古老的似南方有蹄目化石。迄今,中国已发现晚古新世到中始新世,属于北柱兽科的6属以上化石,它们的形态具有比美洲同期种类更为原始的性质。1989年一些美国古脊椎动物学家将它们归入新建立的北柱兽目。