20世纪80年代
经过30年的教学和科研实践，於崇文根据切身体验得出一个结论，认为自然科学的研究程度一般可分为四个层次，由浅入深顺序为：①将观察所得的经验事实进行总结；②将基本现象进行归纳和演绎，并形成唯象理论；③上升到具有普适性和包容性的基础理论和方法论；④抽象为数学的形式体系和哲学思维。
他对30年来自己的研究工作进行自评估，认为还在第二层次上。同时审视国内外的地学研究，认为大多也在这一层次。许多研究成果在观察的经验事实方面较前人工作可能有所补充或更新，然而在基础理论和方法论上并无创新，因此只是在同一水平上的多次重复，本质上还是徘徊于必然王国之中。
鉴于以上考虑，於崇文决定自己的下一个努力目标就是力求使下一阶段的研究工作从第二层次提高到第三层次，实现从必然王国向自由王国的飞跃。50年代至60年代初他在建立自己对地球化学学科认识的理论框架时，在热力学方面当时在国际上还是以经典的平衡、不可逆过程热力学为基础的。但那时他已注意到非平衡、不可逆过程热力学在50年代中期刚刚呈新的生长点悄然兴起，尚未引起国际地学界的注意。50年代末，他和他的早期研究生在北京怀柔地区首次对矽卡岩体的交代作用过程进行不可逆过程热力学的探索性研究，并完成学术论文于1963年在中国矿物学、岩石学、地球化学首次全国会议上宣读。可惜1966年这项研究因文化大革命而被迫中断。80年代初就以此为契机，接力棒式地从不可逆过程热力学起步，然而他并不以之作为终极目标，而是通过非平衡、不可逆过程热力学而进一步直接向动力学跨越式发展。
于是他在Prigogine继承比利时De?Donder学派发展起来的不可逆过程热力学的基础上，吸收比利时Prigogine所创立的耗散结构理论和德国Haken所创立的协同学理论，在地球化学中提出“广义地球化学动力学”的新定义和命题，并在其中发展出“成矿作用非线性动力学”的理论体系和方法论，使矿床成因和成矿规律研究从定性走向定量，从静态上升到动态，开辟了矿床学的崭新领域。
