纽约地铁6号线的历史可以追溯到1904年10月27日，当时慢车与快车首次在原有的IRT莱辛顿大道线上运行，连接市政府车站到大中央车站。线路随后向西延伸，经42街（现为42街接驳线），接着北转进入百老汇-第七大道线，最终在莱诺克斯大道线上终止于145街车站。
1918年8月1日，第三大道-138街车站正式启用。1919年1月8日，线路延伸至亨次波恩大道车站。同年5月30日，继续扩展至帕克赤斯特车站，而10月的开通则将西切赤斯特广场-东翠蒙大道车站纳入服务范围，标志着IRT佩蓝线的完工。
1945年12月31日，市政府车站关闭，新南向隧道开始建设，连接至布鲁克林桥车站（即现在的布鲁克林桥-市政府车站）。这段时期，线路服务保持稳定，快车从佩蓝湾公园车站发车，慢车则从帕克赤斯特车站出发，直通布鲁克林桥-市政府车站。直到1970年代，尖峰时段列车才进一步南展至南码头车站。
1980年，凌晨时段的列车调整回125街，曼哈顿的4号线在这一时期变为慢车。进入1990年代中期，中午时段增加了快车服务，从曼哈顿出发，返回佩蓝湾公园车站。1999年，凌晨列车服务再次延伸至布鲁克林桥-市政府车站，且4号线在凌晨仍然是慢车服务。