扎仓的下属僧侣组织就是“康参”，藏语意为僧团，即按僧侣籍贯或来源地的地域划分，将大寺僧侣划分为若干团体，形成教区区域性组织。康参由老僧主持，下设念哇、格干等办事人员，相对独立地管理教区的行政、宗教、经济事务。松赞林寺的八大康参为：独克康参、扎雅康参、东旺康参、绒巴康参、洋朵康参、结底康参、卓康参、乡城康参。前6个康参代表了香格里拉地区区域内村落形成的教区区域组织。卓康参则为江边地区（今上江、金江、三坝、洛吉）等地的纳西族僧侣组织。而乡城康参是指香格里拉与四川省的乡城和得荣两县僧侣的康参。
寺院扎仓、康参之下的最基层僧侣组织称为”密参“，意为一户或一户人，一般以特定的同一区域内僧人形成一个居住单位，共同生活，人数多在一二十人左右。 寺中僧侣分为活佛和扎巴两类，除活佛外的僧侣按学历及资历分为格西、格弄、班卓等，按所承提职责分则有喀姆、老僧、香追、第巴、英则、格干等十数种职务。
崩主活佛在香格里拉县僧谷中有较高声望，任香格里拉县政协副主席。
截止2012年松赞林寺有僧侣700余人。 噶丹·松赞林寺有着严格的系统组织，寺中每一个僧侣都处在组织系统的某一个层面的某个点上（引用民国香格里拉县志的资料来说明，以期更接近历史真实）。
拉西会议是扎仓的最高组织，由全寺的活佛、堪布、格西等高僧组成，专管寺院的教规教义、寺院的重大建设等。
洛张，即掌教官。管辖由堪布选任的乡佐、念哇。堪扎会议，由乡佐及用户大老僧组成，行使该寺对内对外一切行政事务。念哇专管大寺服务人员及神民（拉迪）庄户70户。
觉夏：设迪哇2员（为僧侣的最高职务，卸任后免去僧人的一切义务，所有布施茶薪都要送到私舍中），念哇2员，聪本8员，任期新3年、旧3年，共6年，管理教民（吹遣）300户，及大寺日常每月三朝众僧的酥油茶斋饭等。
西苏：设迪哇1员、念哇l员、聪本8员，任期仍为新3年、旧3年，专管寺庙节日供品及费用。
其他如薄思（公积金）、吹则古哇（管理寺内装饰）、耐念（粮管）、规格（铁棒喇嘛）、扎玛（茶管）等均为一年一任的管事。 康参即分寺，有东旺、扎雅、朵克、吉迪、洋塘、乡城、卓（纳西）、绒巴等八个康参，俗称八大康参，康参的最高管理机构是康参老僧慧，由每一个明参（即僧人的基层组织，每一个舒卡的僧人为一个明参），选一老僧组成。下设格干为管理本康参的僧众及小沙弥的学经。负责新年及十月二十五日的昂曲节的费用。另念哇、古哇两个组织，分别负责本康参的其他育经及佛事费用。归纳起来，就可以制成以下简略示意图。
以上三者的各种组织的综合，体现了噶丹·松赞林寺管理机构的全貌。
