清远市水务局设有多个内设机构，以满足其职能需求。以下是各部门的主要职责：
1. 办公室：负责机关日常的文电、会务、督办等工作，包括信息管理、信访、保密、政务公开等。同时，承担水务行业安全生产、自然灾害应急救援后勤保障和机关后勤管理工作。人事管理、劳动工资、离退休人员服务和安全保卫等工作也由其负责。此外，还负责水利科技和教育发展规划，科技项目的立项报批，科技成果管理，行业职工教育和培训，以及党群、纪检监察和计划生育工作。
2. 规划计划财务审计科：负责水利水电规划的编制审查，合规性审查，水利建设项目建议书和可行性研究报告的审核，预算和决算编制，水利资金管理和审计监督，以及水利价格、收费、信贷的建议。
3. 建设与管理科：负责水利设施管理和保护，市管河道治理、开发及工程建设方案审查，河道采砂管理和监督，水利工程建设及运行管理，以及市场监督。
4. 农村水利与水保科：协调农田水利建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等项目，管理农村供水和节水，推进水土保持工作，编制并监督实施水土保持规划。
5. 水电建设管理科：指导水电工程和机电排灌工程，负责相关工程的审批和监督管理，推动农村水电电气化工作。
6. 供水管理科：负责供水行业管理和特许经营，制定供水发展规划，监督供水水质，协调供水设施建设和应急管理工作，审核供水行业相关调价方案。
7. 水资源管理与政策法规科：执行水资源管理制度，负责水资源调查、评价和监测，指导水量分配和水资源调度，保护饮用水水源，监督排污口设置和计划用水工作，起草并监督水利政策和法规的执行。
8. 排水管理科：负责排水行业管理，包括排水规划、工程计划、标准制定和执行，监管污水处理和再生水利用，审查排污口设置，以及排水应急管理和安全生产监督。