为了确保农村义务教育学生的营养改善计划得到有效实施并监测其健康状况，卫生部与教育部合作，共同制定了一个全面的行动计划。他们定期进行联合督导检查，对实施过程中遇到的问题进行协调和解决，以保证计划的顺利进行。
省级卫生行政部门与教育行政部门根据营养改善计划的实际进展，适时地进行省级层面的督导检查，这一步骤旨在进一步细化监督，确保政策落实到位。在这一过程中，国家级和省级的专家团队会派出专业人员，对现场的监测工作提供实时指导和专业建议，以提升监测评估的精确性和有效性。
为贯彻落实《国务院办公厅关于实施农村义务教育学生营养改善计划的意见》（国办发〔2011〕54号），2012年5月16日，卫生部、教育部以卫办疾控发〔2012〕65号印发《农村义务教育学生营养改善计划营养健康状况监测评估工作方案（试行）》。该《方案》分目标、范围、监测县和学校、监测时间与内容、评估内容和方法、监测评估管理、质量控制、督导和评估8部分。