在北京市委、市政府的深切关怀和指导下，北京市明城墙遗址腾退工作办公室与崇文区、东城区、北京铁路局、北京铁路分局等众多单位紧密合作，历经一年半的时间，于2002年8月29日，成功完成了明城墙遗址公园的腾退任务。
先前，遗址范围内曾有79个单位占用，其中20多个单位在城墙或基础上建设了厂房和住宅，总计3万平方米，包括19栋楼房，部分职工住房甚至直接建在城墙或挖掉了城墙夯土。这些行为严重破坏了城墙原貌。由于大量单位和居民，遗址区环境恶劣，设施落后，污水无法排出，垃圾遍地，严重影响了城墙和遗址的保护。
腾退工作分为两阶段：第一阶段从2001年10月开始，涉及79个单位的腾退，其中铁路部门在保障运营安全后于2002年3月开始；第二阶段针对居民住户，采用分批腾退策略，以确保社会稳定。最终，腾退办公室共协助2612户居民搬迁，其中包括铁路、崇文区等多个单位的住房。总腾退资金达到5.08亿元。
随着整治工作的推进，遗址区域环境得到根本改善：79个单位和2600余户居民全部迁出，拆除的建筑达6000余间，清运了大量渣土垃圾。环境得到了彻底提升，城墙遗址公园得以建成，不仅提升了市容市貌，也利于城墙的保护。
腾退工作具有诸多特点：遗址内单位和居民众多，情况复杂，且存在私搭乱建现象；遗址周边生活环境长期恶劣，文物保护与城市环境改善、人民生活品质提高相互协调。腾退过程中采用文物腾退政策，明确了责任单位，减少了推诿，为类似项目提供了实践案例。
在明城墙修缮方面，尽管大部分城墙已受损，但北京市文物局投入大量资金进行修复，以最大程度保留历史原貌。在施工过程中，特别注重对现存城墙的保护，确保历史信息和原有风貌得以保留。
北京明城墙遗址公园位于北京市中心地域，东起城东南角楼，西至崇文门，总面积约：15.5公顷，其中城墙遗址及城东南角楼占地3.3公顷，绿地面积12.2公顷。历史上明城墙全长40公里，始建于明永乐17年（公元1419年），距今已有580多年的历史。现存的崇文门至城东南角楼一线的城墙遗址全长1.5公里，是原北京内城城垣的组成部分，是仅存的一段，也是北京城的标志。其城东南角楼是全国仅存的规模最大的城垣转角角楼，始建于明代正统元年（公元1436年），是全国重点文物保护单位。