梨树县工商行政管理局内部设有多个职能机构，以确保日常工作的高效进行和市场的规范管理。
首先，办公室承担着协助局领导处理机关日常事务的重任，协调内外工作关系。其职责包括起草文件、管理文书档案、保障安全保密、负责宣传、信访、机要、信息、统计和会议组织工作。此外，办公室还承担调研任务，制定机关工作制度，并负责财务、装备、审计、国有资产管理和基建等工作。
在人事教育方面，人事教育股负责机构编制和人事管理，包括教育培训、队伍建设、思想政治工作和精神文明建设。此外，他们还负责离退休人员的服务与管理，以及机关和直属单位的党群工作。
政策法规股负责研究并起草工商行政管理规章制度，进行行政执法监督和听证，处理应诉和赔偿事务，同时组织法制宣传教育。
对于市场秩序，市场规范管理股（合同监督管理股）制定规范措施，维护市场经营秩序，指导专项治理工作，并负责合同行政监管、动产抵押物登记、拍卖行为监管和合同欺诈违法行为查处，以促进市场诚信。
企业注册股主要负责企业注册，包括名称核准、证照审定、颁发和监管，确保管辖范围内企业的合法经营。
在商标广告管理方面，商标广告监督管理股监管商标使用，保护商标权，认证驰名和省著名商标，同时监督广告活动，打击虚假广告，引导广告业健康发展。
至于个体私营经济，个体私营经济监督股制定管理措施，负责个体工商户、个人合伙和私营企业的登记注册，监管经营行为，旨在促进个体私营经济的健康发展，指导相关协会工作。
最后，监察室承担着党的纪律检查和行政监察职责，指导系统的纪检监察工作，确保公正廉洁的行政环境。