重庆市南川区委政法委员会的机构设置经过调整，以适应其职责需求。原有的办公室、执法督查科、政治处保持不变，新增设了研究室。同时，南川区社会治安综合治理委员会办公室与区委政法委机关合并办公，而中共重庆市南川区委防范和处理邪教问题领导小组办公室则挂靠在区委政法委员会下。
内设机构包括：
办公室，负责协助领导掌握政法工作全貌，处理内外联络和协调，以及机关的日常行政后勤工作，如会务、文秘、信息处理等。
执法督查科，负责指导、检查执法活动，处理重大案件和督办事项，研究司法实践中的问题，并协调处理人民群众的控告和申诉。
研究室，主要负责研究政法工作中的政策法律问题，探讨理论问题，分析治安形势并提出对策建议，指导调研工作，以及政法系统的宣传和材料起草工作。
政治处，负责制定思想政治工作规划，管理政法部门领导班子，负责人事工作，以及政法干警的思想教育、培训和精神文明建设等。
纪检组，负责监督党的路线、方针执行情况，反腐倡廉教育，党风廉政建设责任制执行，以及受理举报和查处违纪案件等纪律监督工作。
区社会治安综合治理委员会办公室则负责贯彻上级指示，推动基层综合治理，进行调查研究和宣传教育，起草综合性材料，以及培训基层干部等任务。
防范和处理邪教问题领导小组办公室则负责打击邪教活动，宣传教育，以及制定和执行相关工作计划和领导讲话材料。