区水务局的内部组织架构主要包括三个关键科室：
1. 办公室
这个科室主要负责协助局领导协调各科室的工作，处理机关日常事务。它涵盖机要保密、文秘档案、政务公开、宣传信息、治安保卫、会议组织以及年度目标责任制的管理。同时，办公室还负责制定和执行机关内部规章制度，并负责后勤和行政管理工作。此外，它负责水利工作的政策法规学习与执行，处理行政诉讼和行政复议事务，以及执行区委、区政府对水务工作的安排。办公室还负责水务经费的预算编制和资金管理，以及人事管理和培训工作。
2. 综合科
综合科的主要职责包括制定水利年度计划和水务发展规划，研究并提出水务发展战略。它负责农村饮水、节水灌溉、水产渔业和农田水利的基本建设工作，推动农村水务社会化服务和水利科技推广。此外，综合科负责水利项目的建议书编制、规划审查和工程管理，以及河道治理、流域管理和水土保持治理。它还负责水资源的优化配置和节水用水工作的指导和监督。
3. 水资源管理办公室（区节水用水办公室）
这个科室负责全面管理全区的水资源。它制定水资源开发、利用、保护和治理的规划，划分水功能区并进行水资源优化配置。同时，它组织节水用水工作，参与城市和重点建设项目水资源利用的论证，审批取水申请，发放取水许可证，并收取水资源费。水资源管理办公室还负责水质监测，确保饮水区和重点水源地的水质安全。
这些科室共同协作，确保万柏林区水务工作的高效运行和可持续发展。