北京市工商行政管理局内设机构分工明确，各司其职，确保行政管理工作的高效进行。以下是主要部门及其职责：
办公室（宣传处）：负责机关日常政务管理，包括文电处理、会务安排、信息工作、信访处理、议案建议、保密工作、政府信息公开和新闻宣传等。还负责组织和督查重要事项，以及工商行政管理问题的调查研究。
法制处：负责推进依法行政综合工作，起草地方性法规草案和政府规章，监督行政执法，处理行政复议和诉讼事务，审核机关文件的合法性，并管理工商行政管理执法证件。
登记注册处：负责企业、市场等的登记办法制定，核准主体登记，颁发相关证照，包括外资企业的登记注册工作和企业改组改制登记。
企业监督管理处：监督内资企业、私营个体经济，负责年检、验照和日常检查，查处非法经济组织和违法行为，指导私营个体经济协会，参与流动人口管理工作。
外商投资企业管理处：负责外资主体的监督管理，组织年检、专项整顿，查处违法登记事项。
市场监督管理处：规范生活消费品和生产资料市场秩序，监督各类市场交易行为，查处违法违规行为，负责农资经营活动监管和粮食流通工作。
合同监督管理处：实施合同行政管理，制定合同示范文本，查处利用合同违法行为，管理经纪人和经纪活动。
商标监督管理处：制定商标管理规章制度，监管商标印制单位，管理商标代理，保护商标专用权，查处商标侵权和假冒行为。
广告监督管理处：指导广告业发展，制定广告监管措施，查处广告违法违规行为，核准广告经营资格。
消费者权益保护处：保护消费者权益，规范服务领域经营行为，查处假冒伪劣案件，指导消费者协会工作。
经济检查处（直销监督管理处）：负责反垄断、直销和直销员监管，查处经济违法案件，打击传销。
特殊交易监督管理处：规范特殊渠道经营活动，查处违法违规行为。
商品质量监督管理处：负责流通领域商品质量监管，确保商品质量和安全。
企业信用监督管理处：制定企业信用监管规定，建立失信联合惩戒机制，推动企业信用信息系统的建设与维护。
计划财务处：负责财务预决算、资金管理和内部审计，以及机关安全保卫工作。
人事处：负责人事、机构编制、队伍建设、外事等工作。
机关党委（教育与基层建设处）：负责党群工作和教育培训。
工会：负责机关工会工作。
离退休干部处：负责离退休人员的管理与服务。
纪检监察机构：按照规定派驻。