中国医学科学院北京协和医学院药物研究所自成立以来，历经五十年的耕耘，取得了显著的科研成果。至今，该所共斩获科研成果奖247项，研发并成功上市新药超过百种，获得了124项新药证书，其中包括17项一类新药的殊荣。自1986年国家实施基金制以来，药物研究所参与的各类科研课题达到785项，发表的科研论文超过5678篇，编写了276本专业著作，并在全球范围内申请了456项专利。
作为高级药学人才的重要培养基地，药物所的药学学科被教育部认定为全国高校医学重点学科，设有4个博士学位授权点和5个硕士学位授权点，还设有药学博士后流动站。研究所拥有一支由资深科研人员组成的教师团队，包括46名国家批准的博士生导师和144名硕士生导师，他们承担着北京协和医学院研究生的教育工作，开设了21门涵盖药物化学、药理学等领域的课程，目前在所研究生数量达到300多人，已培养出371名博士生和444名硕士生。
近年来，药物研究所积极推进科研成果转化，其下属药厂产值逐年增长。该所的主要产品包括人工麝香、紫素（紫杉醇注射液）、灵孢多糖注射液、百赛诺、联苯双酯、高三尖杉酯碱、酞丁安等，部分产品已远销国际市场，显示出强大的市场竞争力。
药物研究所与国内外30多个国家和地区的制药公司、大学及科研机构保持着紧密的科技合作与学术交流，通过这些合作，不断推动科研水平的提升。此外，研究所还出版了《药学学报》、《Chinese Chemical Letters》和《Journal of Asian Natural Products Research》三种高质量的学术期刊，为药学研究领域贡献了丰富的学术资源。
中国医学科学院北京协和医学院药物研究所成立于1958年，是国家级重点药物研究机构之一。研究所以寻找和研究防治严重危害人类健康的主要疾病的药物为方向，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学现代理论和高新技术开展多学科综合性研究。