植物营养与资源研究所
植物营养与资源研究所始建于1958年，是北京市唯一从事农业资源环境和土壤肥料研究的科研机构。经多年努力，该所构建了新型肥料研究与开发、农业环境保护与污染治理、农业微生物资源保护与应用、农业废弃物综合利用等优势学科，已经发展成一个拥有72名职工，兼具应用基础、应用开发研究的专业所，现有高级职称人员15人，中级职称14人，具有硕士学位以上的33人，其中博士13人。现设2个中心（土壤资源与环境中心、新型肥料研发中心）、8个研究室（水环境研究室、土壤环境研究室、大气环境研究室、循环农业研究室、缓/控释肥研究室、养分管理研究室、微生物研究室和功能肥料研究室）、1个中心实验室、5个示范基地（农业面源污染防控、有机农业、生态农业、新型肥料中试、长期定位监测）、1个平台（北京市面源污染防控与预警平台）。在农业部对全国一千多个农业研究机构评估中，综合实力进入百强、居全国同类研究所第2名。
农业综合发展研究所
农业综合发展研究所成立于1983年，主要从事都市农业经济、农业资源利用与信息技术、山区环境与沟域经济、山区植物资源评价与利用等方面研究，同时，进行相关果树品种的选育和加工技术研究，并在农业技术推广、农业工程咨询等方面为北京郊区农业发展提供技术支撑和科技服务。2004年，北京市农林科学院农业综合发展研究所与北京市农林科学院山区开发研究室合并，组建了新的农业综合发展研究所。全所职工57人，高级职称14人，博士12人。依据事业发展和学科建设需求，设置了8个部门，即综合办公室、重大项目办公室、沟域经济发展中心、都市农业发展研究中心、可持续发展中心、山区林果资源研究中心、现代农业园区和北京绿之星植物技术有限公司以及院挂靠的农业工程咨询中心。2006年，研究所被国家科技部批准为“区域科技成果转化中心”，2009年批准“国家农产品加工技术果品专业分中心”和 “中关村国家自主创新示范区股权激励改革试点单位”。依托本所的行业学会有“中国经济林学会板栗工作组”、“北京农学会都市型现代农业分会”及“中国技术经济研究会农业技术经济分会”。
