在山海关一片石之战后，大顺军李自成遭遇吴三桂与清军的夹击，惨败铩羽而归。李自成匆匆在前明武英殿举行即位典礼，随即下令将吴三桂一家大小三十余口杀个罄尽。大顺军放火焚烧明宫并仓惶撤离京城。李自成从进城到出城，前后历时仅短短42天。
他的百万军队，死了一大半部分，其它随主力逃回西安。不久之后。李自成放弃西安，由西安经蓝田、商洛向河南撤退，三月下旬，李自成到达湖北襄阳一带，此时其麾下有士卒三十万，又把襄阳府附近的府县兵士集聚。扬言要去取南京。满清将领阿济格追来后，李自成率众向东撤离，清军轻易占领了襄阳等四府。自此，李自成从1642年开始建立起来的各地方政权全部瓦解，又回到了最初流动作战的状态。
之后，大顺军转战南北、东奔西突。堪称能战的农军似乎被三海关那场恶战给靥住了。李自成的大顺军曾经横扫明军如卷席，但面对更凶神恶煞的清兵却束手无策。大顺军连战连败，惶惶如丧家之犬。1645年初夏，大顺军余部被清军追至湖北通山县九宫山一带。李自成亲引二十余亲兵外出打粮路过一破庙，突遭地方武装偷袭，李自成被人一锄头打死。一代枭雄，就这样无声无息的消失在历史的迷雾之中了，那么他的农民军队去哪里了。
在李自成牺牲之后大顺军余部也有过彷徨，但是很快他们就选择与南明朝残余政府合作。因为清朝政府对农民军紧追不舍，而大顺军又失去了李自成这面大旗，1645年李过率领的大顺军余部与隆武帝联合，赐名“忠贞营”。李过封兴国侯，不久李过病逝，高一功成了领导人。但忠贞营在南明始终倍受歧视，高一功不愿依附孙可望，又不想投降清廷，于是北上夔东，与其他的大顺旧部会合。
1646年高一功中毒箭身死，李来亨率军到达夔东，此后大顺军余部基本会合，被称为“夔东十三家”，其弱点仍然是没有强有力的核心，南明又故意在封爵上封了一大批公侯。在南明永历帝被吴三桂杀死后，大顺军余部依然坚持抗清，直到1664年被清军消灭，领导人李来亨先杀妻子，后自杀，从此大陆的抗清运动结束。