塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室采用一种有效的管理运行模式，即在学术委员会的指导下实施实验室主任责任制。这一制度强调学术委员会在决策过程中的关键作用，由华中农业大学的工程院院士邓秀新教授担任学术委员会的首要负责人，他的专业知识和经验为实验室的发展提供了强有力的支持。
实验室主任由兵团首批跨世纪学术和技术领军人物张利莉教授担纲，她负责实验室日常运营和战略规划。实验室的运行遵循着“开放、流动、联合、竞争”的原则，旨在促进知识的交流和创新，鼓励跨学科合作，同时激励所有成员保持竞争意识，提升研究水平。
这种机制旨在建立一个开放的环境，接纳各种学术观点和研究方法，使人才流动更加顺畅，增强与其他科研机构的合作，同时通过竞争激发科研人员的创新精神。通过这样的运行机制，塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室得以高效运作，推动科研成果的产出和生物资源的可持续利用。
塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室位于塔里木盆地腹地新疆阿拉尔市，成立于2004年6月，2010年2月8日被科技部批准为省部共建国家重点实验室培育基地。实验室主要依托塔里木大学“果树学”和“生物化学与分子生物学”两个兵团重点学科、生物技术研究开发中心及其相关实验室而筹建。