首先，确权是对权利的实体性确认，登记是对权利的程序性确认。
对不动产权利实体上的认定，属于确权要解决的问题。权利的主体即不动产权利属于谁、权利的内容也即权利人享有哪些权利等问题，都是根据《物权法》《土地管理法》等实体性法律法规通过不动产确权进行实体性确认。而如何根据《不动产登记暂行条例》（以下简称《条例》）等程序性规定审查不动产权利的权利状况和自然状况证明材料，如何把不动产权利固定下来，则属于不动产登记要解决的问题。不动产确权的内容是不动产登记的核心内容，也是不动产登记的实质问题。只有不动产权属明确、界址清楚、面积准确，不动产登记行为才更具有公信力。不动产登记是对确定的不动产权属的具体承认形式的公示。
从先后顺序看，不动产确权在先，不动产登记在后。不动产确权是不动产登记的前提条件。而经过不动产确权的不动产权利，一般只有通过登记才发生效力。所以我国《物权法》第9条第1款规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。”
但是确权独立于登记，权利确认之后，不是必须登记后才产生物权效力，如按照《物权法》第28条的规定，人民法院、仲裁委员会的法律文书或者人民政府的征收决定确定的关于物权设立或者变动，不需要登记也产生物权效力。
其次，当事人负责提供的不动产权属争议处理决定等权属证明材料由有权机关做出，登记机构负责审核。
《物权法》第33条规定：“因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。”该条虽然明确规定了当事人的物权确认请求权，但是没有规定确权主体。
在《条例》正式实施前，不论耕地、草地、林地还是建设用地的确权机关、登记机关都是人民政府。就土地确权而言，根据《土地管理法》第16条规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”可见，确权机关是县级以上人民政府。2003年施行的《土地权属争议调查处理办法》进一步明确了土地争议调查处理的主体是县级以上人民政府，国土资源部门只是具体的承办部门。就登记而言，包括权属调查在内的地籍调查在2008年《土地登记办法》实施之前，属于登记的必经程序。当事人申请登记之后，登记机关到场进行权属调查。主要是进行土地的四邻指界，如果没有权属争议，进行地籍测量，如果四邻因为存在土地权属争议不予以指界，则需要登记机关在解决权属争议之后再测量登记。因此，一直以来登记机关就被当作是确权机关和权属争议处理机关。
2015年3月1日《条例》正式实施后，不动产的登记机关明确规定为市县人民政府的不动产登记机构，登记机构不应再是争议处理机关。原因是：
一是按照《条例》第6条第2款“县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作”，以及第7条“不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记”，登记机构是政府的部门，而按照《土地管理法》《森林法》《草原法》等法律规定，确权机关应当是县级以上人民政府。
二是按照《物权法》第11条的规定和《条例》第16条的规定，不动产的权属证明材料需要当事人提供。包括权属调查在内的地籍调查工作需要当事人或者其委托的专业技术单位完成。登记机构只负责审核权属是否存在争议，如果权利存在争议，按照《条例》第22条的规定不予登记。这就需要当事人先行解决争议。关于解决的途径，按照《土地管理法》第16条规定，当事人可以自行协商解决，也可以申请政府处理，对处理不服的，可以申请行政复议或者诉讼。争议解决之后，当事人可以拿着协商处理的结果、人民政府的处理决定或者复议决定、法院的裁决申请登记，登记机构根据当事人协商的结果或者公权力机关的处理决定办理相应的登记。
最后，不动产交易管理不属于不动产确权。
目前在实践中，很多地方在当事人买卖房屋办理转移登记时，登记机构出于多种原因，要求当事人提供房屋管理部门出具的类似不动产买卖合同备案证明或者交易确认书（告知单）之类的材料。这种做法将本来应当由登记机构履行的审核职能剥离出去，既增加了当事人的负担又使登记机构面临登记错误赔偿风险。还有的地方误认为房屋管理部门的交易管理就是房屋确权。这种观点是错误的，房屋交易管理不是确权，交易的房屋必须经过首次登记，权利归属已经完全确定，不存在争议，不需要确权。因此，各地应当严格按照2015年11月27日《国务院办公厅关于简化优化公共服务流程方便基层群众办事创业的通知》的规定，“坚决砍掉各类无谓的证明和烦琐的手续”，来源：网页链接“凡没有法律法规依据的证明和盖章环节，原则上一律取消”，在办理登记时不应强制收取不动产交易确认书（告知单）之类的材料，以简化程序，方便群众办事，使广大人民群众真正感受到不动产统一登记带来的便利。