根据上述职责，市住房城乡建设委(市政府房改办)设21个内设机构。
(一)办公室。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、议案、建议、提案、安全保密、政府信息公开、对外联络及行政后勤管理等工作；承担重要文稿的起草工作；承担机关重要事项的组织和督查工作。
(二)法制处。
负责机关推进依法行政综合工作；起草住房和城乡建设方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核及有关备案工作；负责法制宣传工作。
(三)综合处。
组织编制本市住房和城乡建设综合性行业发展规划，组织重大问题的调研以及综合性文献资料的编纂；组织建立行政基础数据指标体系并实施运行管理与考核；负责本系统统计工作；负责组织编制机关及所属单位年度预决算，负责机关及所属单位财务和资产的管理。
(四)中央工程服务处。
负责中央国家机关、驻京部队和中央企事业单位在京审批类工程项目登记备案，提供建设协调和服务工作。
(五)工程建设管理处。
拟订本市建筑工程施工许可方面的规章制度；负责职责范围内的建筑工程施工许可证的审核发放及监督管理工作；负责区县建设行政主管部门施工许可工作的监督与指导。
(六)重点工程协调处。
参与重点工程建设的计划编制，负责重点工程建设的组织协调、综合调度和监督管理工作；掌握重点工程项目建设动态、前期工作进展及建设过程中的主要问题，并提出解决问题的意见和建议。
(七)建筑业管理处。
编制本市建筑业发展规划并指导实施；拟订建筑企业资质管理的规章制度；引导、推动建筑业产业结构调整和生产方式转型；负责对全市建筑业企业、工程建设监理企业、工程项目招标代理机构和工程造价咨询单位等的资质审批和监督管理；负责外埠和境外建筑业企业在京的监督管理。
(八)建筑市场管理处。
研究制定本市建筑市场管理的规章制度；负责分析研究建筑市场供求状况；负责建筑市场秩序综合整治和管理，推进信用体系建设；负责建筑市场准入管理；负责建设工程招标投标活动的监督管理；负责建设工程合同签订、履约情况的监督管理，协调处理建设工程款结算纠纷；组织制定建设工程造价计价办法；引导、促进本市建筑业企业开拓外埠和境外市场。
(九)工程质量管理处。
拟订本市建设工程质量管理的规章制度及相关标准；负责建设工程质量管理及监督工作；负责建设工程竣工验收备案工作；对重大工程质量事故进行调查处理；负责超限高层建筑工程抗震设计审批；负责工程建设监理的监督管理；负责建设工程质量检测机构的资质管理。
(十)施工安全管理处。
研究制定本市建设工程施工安全管理的规章制度；负责安全生产许可证审批和监督管理工作；负责建设工程安全监督备案工作；负责绿色施工的监督管理，组织协调施工现场防汛工作；负责建筑起重机械安全使用的监督管理；负责建设工程施工安全事故调查处理；指导区县施工安全管理工作。
(十一)建筑节能与建筑材料管理处。
编制本市建筑节能、建筑材料的发展规划并组织实施；制定工程建设中推广新材料和新设备、淘汰落后产品和工艺的政策措施；负责建材市场监测分析；负责工程建筑材料市场准入及使用的监督管理；负责建材供应企业信用管理；负责建筑节能、墙体材料革新和散装水泥发展及管理工作；综合协调、推进节能省地型住宅建设。
(十二)科技与村镇建设处。
编制本市住房和城乡建设科技发展规划并指导实施；组织重大科技项目攻关，负责科技成果的应用推广和新技术应用示范工程管理工作；负责工程建设地方(含村镇)标准的编制及企业工程技术标准的备案；负责村镇工程建设的指导和技术服务；研究制定农村住房建设、农村住房安全和危房改造相关政策；指导新型抗震节能民居示范工程建设和既有农宅抗震节能改造工作；负责全市农村建筑人员的培训工作。
(十三)物业管理处。
拟订本市物业服务与管理的规章制度及标准；负责物业管理活动的监督管理；推进物业服务行业发展，负责从事物业管理活动企业的资质、执业资格以及选聘前期物业服务机构的管理工作，组织推广示范项目；负责监督指导与业主大会有关工作的开展；协调指导住宅专项维修资金管理及使用工作；负责普通地下室安全使用的综合管理工作。
(十四)房屋安全和设备管理处(房屋防汛办公室)。
拟订本市房屋使用安全的政策措施；负责城镇房屋使用安全的监督管理；负责危险房屋的排险解危治理及抗震加固工作；负责房屋白蚁防治工作；负责组织房屋安全检查，协调有关房屋防汛工作；负责房屋安全鉴定的管理，拟定房屋修缮标准，负责房屋修缮的监督管理；参与房屋危改区域的确认工作。
(十五)住房制度改革处。
起草本市住房制度改革方面的政策措施并组织实施；拟订公有住房销售、租赁政策和除住房公积金以外的住房资金政策，指导住房资金的归集和使用；拟订本市国家公务人员住房政策，指导直管公房经营管理体制改革；负责公有住房出售、集资合作建房、实施住房分配货币化的管理工作，以及住宅合作社的监督管理；负责指导和监督区县和市属单位房改工作，协调中央在京单位和驻京部队的住房制度改革工作。
(十六)房屋市场管理处。
研究制定本市房屋交易、租赁方面的政策措施；负责房屋交易、租赁市场管理，规范市场行为；负责房屋交易、租赁的统计分析，指导房地产市场管理信息网络系统建设，定期公布房屋交易、租赁价格信息；负责商品房预售许可、房地产估价机构资质核准工作；负责房地产经纪和估价活动的监督管理。
(十七)房地产开发管理处。
拟订本市房地产开发管理的政策措施；编制房地产业发展规划并组织实施；负责房地产开发企业资质及信用方面的管理工作；负责房地产开发项目协调和监督管理，参与房地产开发项目立项核准和年度投资计划会审；指导和协调区县房地产开发主管部门的有关工作。
(十八)房屋登记管理处。
拟订本市房屋登记方面的规章制度；负责对各类房屋登记发证工作进行监督管理；负责本市房屋登记簿、房屋登记档案的管理和相关信息网络系统建设工作；负责房产测绘单位测绘资格的初审工作；负责房屋登记代理的管理工作。
(十九)征收拆迁管理处。
拟订本市房屋征收拆迁方面的政策措施；负责编制房屋征收拆迁年度计划；负责房屋征收拆迁管理和重大项目征收拆迁的协调工作；负责城市房屋征收拆迁单位资质管理；指导和协调区县房屋征收拆迁的有关工作。
(二十)应急与信访工作处。
承担北京市建筑工程事故应急指挥部办公室工作；负责组织本市建设工程方面应急预案的编制和修订，协调有关部门、单位开展应急演练与突发事故(件)的预防和处置工作；负责全市建设工程、房屋管理应急宣传教育、培训和应急值守管理工作；负责督促、指导、检查系统各单位开展应急管理工作；负责政风行风热线、便民信箱的相关工作；负责来信来访的受理、转办、督办和答复工作。
(二十一)人事处。
负责机关及所属单位的人事、机构编制、专业技术职务评定、外事等工作；承担联系和管理有关行业协会等社团组织的相关工作。
机关党委 负责机关及所属单位的党群工作。
工会 负责机关及所属单位的工会工作。
离退休干部处 负责机关及所属单位离退休人员的管理与服务工作。
纪检、监察机构按有关规定派驻。
