过敏主要是由于人体免疫功能失调出现不平衡的现象。当过敏体质的人群受到外来物质或生物体刺激免疫系统，产生过多免疫球蛋白，释放出一种叫组织胺的物质，从而引发过敏症状。益生菌能起到调节体内免疫球蛋白抗体，有效缓解过敏症状的功效。
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很多益生菌都能起到酸化泌尿生殖道的功效，它可以通过降低阴道内PH值来抑制有害细菌的生长，并通过与有害细菌争夺生存空间和资源来遏制有害细菌的滋生。
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乳酸菌产生的某些物质具有减低血压的功效，还有的益生菌能特意分解乳蛋白，产生抑制引起血压上升的酶活性多肽，常饮用含有活性多肽的酸奶能够起到防治高血压的功效。
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益生菌能够起到抑制肠道中某些酶的活性的作用，如尿素，消极还原酶，偶氮还原酶等，这些酶能参与肠道中致癌物质生成;胆盐经肠道遇到有害细菌发生接力，也会导致致癌物产生，引起肠癌。使用益生菌除了能够提高巨噬细胞的活性防止肿瘤生长之外，还能抑制有害细菌，降低致癌率。