黄龙寺，原名黄龙于玕寺，由青原玄泉彦禅师之徒超慧于唐乾宁二年（公元895年）创建，至今已有1100多年历史。寺址由“风水之祖”司马头陀亲自勘定，故僧侣云集，宗风远振；超慧禅师降伏吕洞宾为侍客童子，声名鹊起，有“法窟”之称；唐、宋曾三次（即光化二年（899）、元佑元年（904）、祥符八年（1015））旌表超慧和黄龙寺为“黄龙大德祖师”、“黄龙祖师”与“崇恩黄龙禅院”，故有“三敕崇恩禅院”之称，丛林侧目；宋英宗治平二年，洪州太守程公孟敦请临济名僧慧南入主，创立黄龙宗，声名大振。至今存有众多历史遗迹，如遍布寺周的僧坟及摩崖石刻，著名的景观“九关十三锁”在寺正前方。
黄龙寺为历代文人骚客所咏颂，亦有珍稀手迹传世而存。皈依黄龙宗的居士如苏轼、黄庭坚、张商英、徐禧等一大批文人士大夫，以及曾经宦游修水的文人曾巩、陆游等人，都为黄龙寺写过诗篇文章。特别是黄庭坚，由于是江西修水人，入祖心晦堂之室，又与灵源惟清、死心悟新、兜率慧照、清凉慧洪等一批黄龙高僧过从甚密，所以为黄龙寺留下诸多诗文书法。相传，当时黄龙寺大小匾额碑记皆为黄庭坚所书。其亲笔手书有楷书“三言诗帖”、大行楷“晦堂和尚开堂疏”、行书“观音赞”、“烧香颂”以及摩崖石刻“灵源”、“黄龙山”、“法窟”等。“灵源”二字，行楷阴刻于灵源拱桥头左侧巨石上；“三敕崇恩禅院”的匾额永留寺中，“黄龙山”三字刻于寺前下马石壁上，字径达85厘米，其遒劲苍健的手迹至今清晰可见。
崇宁元年春，黄庭坚从四川贬官获赦回修，拜访分别多年的道友灵源惟清，又与道友戴道纯邂逅于黄龙寺。当时，晦堂祖心已圆寂，塔于慧南之侧，黄庭坚作《烧香颂》拜过慧南、祖心双塔，临别作诗一首云：
山行十日雨沾衣，幕阜山前对落晖。野水自添田水满，晴鸠却唤雨鸠归。
灵源大师人天眼，双塔祖师诸佛机。白发苍颜重到此，问君还是昔人非？
