随着新世纪的到来，虎门中学经历了两次重大的发展飞跃。原有的校区位于鹅公山东南麓，随着周边的繁荣，虎门中学的发展受到了限制。在这种背景下，虎门镇委镇政府展现前瞻视野，决定合并虎门中学和则徐中学的高中部，并将虎门中学迁移到虎门公园旁的新址。这一重大决策在2001年得以实施，标志着虎门中学进入了一个崭新的发展阶段。
搬迁新址后，镇委镇政府对虎门中学的建设给予了高度重视。2003年，投入700多万元用于校园网络的建设，购置图书和仪器设备，为教学提供了坚实的基础。而在2006年，又投入2000多万元进行了大规模的校园改造和升级，以提升学校的整体面貌，为创建省一级学校和庆祝建校六十周年做好准备。如今，虎门中学占地面积约为10万平方米，生均约33平方米，校舍面积近5万平方米，包括5幢教学楼和10幢师生宿舍楼，以及标准的运动设施如环形跑道、体育馆、游泳池和篮球场。
虎门中学的校园规划科学，教学区、生活区和运动区井然有序，营造出良好的育人环境。现代化的教学设施一应俱全，如配备了仪器实验室、生物解剖室、史地观察室、课件制作室、美术室、舞蹈室，以及与教辅室数量相当的电子阅览室。所有63个教室都配备了多媒体设备，每个级部办公室有五台计算机，每位教师配备了笔记本电脑。学校还有4间计算机室，总计252台机器，以及两个多媒体阶梯电教室，这些都体现了虎门中学紧跟时代步伐，致力于为学生提供最优质的教育资源。
1946年，抗日名将蒋光鼐偕若干热心家乡教育人士，倡议并得到回应，由东莞明伦堂拥有万倾沙当产提供经费，合并东莞简师附中与县立三中，在鹅公山东麓，创立虎门中学。1949年11月11日，东莞县人民政府接管虎门中学，1958年首届高中班招生，1983年，学校由市属学校转为镇属学校；2001年虎门中学与则徐中学高中部合并，成立新的虎门中学（高级中学），校址设在原则徐中学（虎门公园旁）。虎门中学是市九大骨干中学之一，2003年12月，被评为市一级学校。2006年7月，被评为广东省一级学校。2007年1月转为市直属学校。