温州市公安局瓯海分局内设机构包括多个部门，各部门职责如下：
机关党委：执行党的政策，加强党的建设和党员管理，负责组织关系接转、党费收缴、党员发展及民主评议等工作。
办公室：掌握公安工作动态，协助紧急警务，起草文件、组织新闻发布，负责会议组织和文件管理工作，以及保密和档案工作。
警务督察大队：指导和监督全局警务工作，对公安机关及人民警察的执法情况进行监督。
干部科：负责人事管理，协助干部考核、推荐，负责机构设置、编制管理和民警录用、警衔、职务评聘等工作。
宣传教育科：负责公安宣传、思想政治工作，指导公安文化建设，组织民警教育和表彰奖励工作。
指挥中心：负责全局性指挥协调，处理“110”报警，协助处置重大事件和紧急治安案件。
控申科：受理控告、检举和投诉，处理群众来信来访，指导信访工作，查处轻微违纪行为。
国内安全保卫大队：负责国家机关等单位的治安保卫工作。
经济文化保卫科：监督内部单位治安保卫，查处内部案件，指导安全防范。
经济犯罪侦查大队：分析经济犯罪，组织侦查工作，协助防范。
治安大队：负责社会治安管理，查处重大案件，维护公共场所秩序。
户政基础大队：指导户口登记和管理，负责人口统计和基层基础工作。
流动人口治安管理大队：指导流动人口信息采集，管理出租房和流动人口服务工作。
刑事侦查大队：负责刑事犯罪情况分析，组织破案和打击工作。
禁毒大队：研究打击毒品犯罪，组织预防和宣传教育。
特巡警大队：维护治安秩序，预防和处理违法犯罪，应对突发事件。
公共信息网络安全监察大队：负责网络安全工作，打击网络犯罪。
科技信通科：研究信息化规划，负责公安系统信息化建设和设备管理。
法制监察大队：负责执法监督和法制建设，审核案件，处理行政诉讼等。
行政管理科：负责公安经费管理，公安装备和车辆管理，后勤保障等工作。
行政审批科：执行法律法规，负责行政许可审批和指导户口管理工作。
出入境管理大队：处理公民出国境证件，查处涉外案件，管理外国人和华侨信息。
情报信息大队：整合内外信息，提供决策支持和辅助侦查线索。
审计室：负责公安系统的审计监督和经济活动审计。