工发组织的组织机构包括：大会、工业发展理事会、方案预算委员会和秘书处。工发大会是该组织的最高决策机构，每两年举行一届全会，由全体成员国参加，负责讨论方针政策并作出决策；工业发展理事会是常设决策机构，由53个成员国组成，每年召开两次常会，负责审议行政、业务、人事和财政预算等重大问题并提交大会通过；方案预算委员会是理事会的附属机构，每年举行一次会议，协助理事会编制和审查工作方案、预算和其他财务事项。秘书处的主要职能和任务是处理该组织的日常事务。目前，秘书处由总干事和三名执行干事以及其他工作人员组成。
工发组织在总部和其他驻地办事处任用工作人员600余名。工发组织有172个成员国，在35个国家设有区域或国别代表处，并正在推行权力下放改革，通过与联合国开发计划署的合作使该组织覆盖80余个国家。此外，该组织还在9个国家设有投资促进处，形成一个独特的全球投资和技术促进网络。现任总干事云盖拉先生（Mr.Kandeh K.Yumkella）于2005年11月在工发组织第11届大会上获正式任命，任期四年。云为塞拉利昂人，此前为工发总干事高级顾问。
总干事：李勇（中国财政部副部长）
2013年6月24日，联合国工业发展组织第41届理事会投票选举新任总干事，中国政府推荐的候选人、财政部副部长李勇在首轮投票中即以37票绝对优势赢得选举，将在6月28日举行的特别大会上被正式任命为该组织的第七任总干事。
6月25日，商务部新闻发言人沈丹阳就李勇赢得选举表示祝贺，同时发表谈话指出，中国此次推举候选人参选工发组织总干事，体现了中国对国际发展事业，特别是推动可持续工业发展的坚定支持。
中国与工发组织40年来一直保持良好合作关系。工发组织通过技术合作项目不但为中国引进了先进技术、管理经验和部分关键设备，还为中国培养了大批专业技术人员，有力地促进了中国工业技术水平的提升和经济社会的发展。中国一直积极参与工发组织的活动，并向其提供了力所能及的帮助。
沈丹阳强调，今后，中国将进一步加强与工发组织的合作，推动工发组织为全球工业可持续发展作出更大贡献。
