自建所以来，已获得部市级科研成果90余项。“桃、油桃新品种选育与推广”获2001年北京市科技进步一等奖和2002年、国家科技进步二等奖；“核桃嫩枝嫁接与丰产栽培配套技术的研究与推广”获2000年北京市科技进步三等奖；“桃、杏、山楂新品种选育”获1999北京市科技进步二等奖；“核果类（以桃为主）主要病毒识别鉴定及脱毒技术研究”获1998年北京市科技进步二等奖；“北京地区毛白杨基因库建立优良无性系选择与组合繁殖研究”获1998年北京市科技进步二等奖。
林果资源与育种研究取得了显著的成绩。研究所是“国家种质资源圃——北京桃、草莓圃”和“北京果树种质资源库”所在地，保存林果资源3000余份。先后培育审定了59个具有自主知识产权的林果新品种。包括14个桃、罐装黄桃品种（麦香、早香玉、庆丰、京红、京艳、京蜜、八月脆、早美、晚蜜、华玉、瑞红、早玉、京川、燕黄），11个油桃品种（瑞光1、3、5、7、11、18、19、22、27、28号油桃、瑞光美玉油桃），13个蟠桃品种（早露蟠桃、瑞蟠2、3、4、5、10、13、14号、袖珍早蟠、瑞蟠16、17、18、19号），9个葡萄品种（早玛瑙、紫珍珠、翠玉、艳红、爱神玫瑰、早玫瑰香、峰后、香妃、瑞丰无核），2个草莓新品种（星都1、2号），5个板栗品种（燕红、燕昌、燕丰、银丰、阳光），2个核桃品种（薄壳香、北京861），1个枣品种（京枣39号）、2个扶芳藤品种（宽瓣、红脉）等。其中“九五”以来审定的新品种有30余个。许多品种在生产上大面积应用。
果树生物技术研究取得了显著地进展。开展了桃、杏、樱桃、葡萄、草莓、核桃、板栗、苹果、梨分子标记、指纹图谱及转基因研究。在国内率先开展了桃分子标记的研究，已获得桃果实有毛/无毛、白肉/黄肉、离核/粘核、圆形/扁形、甜/酸性状的分子标记，并实际应用于桃育种的预先选择中，对桃育种起到了积极的推动作用。为了进一步加强果树基因标记尤其是数量性状基因位点分子定位的研究，建立了的桃、樱桃遗传学研究群体材料。计划利用该群体进行桃、樱桃分子连锁图的研究和果实数量性状如：果实大小、糖酸含量、果肉硬度、果实成熟期等主效基因的分子定位。
研究所科研设施较为齐全。建有“果实品质评价实验室”、“北京市自然科学基金果树逆境生理重点实验室”、“北京市农业生物技术研究中心（果树部分）”、“农业部果品及苗木质量监督检验测试中心实验室”和“组织培养车间”等，试验室总面积3000余平方米；拥有原子吸收仪、气相色谱仪、高压液相色谱仪、旋转蒸发仪、自动滴定仪、微波消解仪、超纯水仪、原子荧光光度计、高速冷冻离心机、光合测定仪、植物冠层图像分析仪、PCR仪、超净工作台等设备；建有600平方米组培车间、300平方米连栋温室、20栋日光温室、480吨容量的气调和机械式冷库。
科技示范推广工作取得了显著的成绩。作为科技部科技成果区域转化中心，建立了“北京市高效优质果品及科研中试基地”和“果树新品种苗木产业体系”，年生产特色林果优质种苗200余万株。在京郊建有大规模的品种及技术示范推广基地，如平谷大华山桃产业基地、延庆新庄堡杏产业基地、房山霞云岭百里核桃带示范基地等。“果树新品种推广”被列为国家科技部重点成果推广计划。
科技产业工作稳步发展。北京京林创新园艺科技有限公司全权负责研究所培育的林果新品种的种苗开发推广，北京金核桃园艺技术研究中心负责核桃科研及种苗开发推广，北京北方果林科技开发有限公司专门从事高档果品的经营。
在新的世纪里，我们将立足于科技创新，为北京乃至全国林果产业发展贡献自己的力量！
