《觉醒年代》中，蔡元培的结局是辞去了北大的校长这个职位，并离开北京，后来选择出国考察，而他开放而包容的教学理念让很多人非常佩服，在他即将出国的时候，陈独秀、汪大燮和吴稚晖等人一起来为蔡元培送行。
蔡元培被委任北大校长
蔡元培当时可以说是真正文学界的泰斗，他的能力得到不少人的赏析，也受到很多人的景仰，在文学家的威望很高。北大的前身是“皇家大学”，在清朝的时候，这所学校教育的一直都是皇家子弟，虽然已经改名“北大”，但是学校里面的一切作风还是没有改变，到处充斥着腐朽的旧式官僚主义之风。很多人来到北大都不是真正想要学习，而北大的很多老师都是毫无半点文墨，却受到不少学子的追捧。北大的这种情况早就已经全国闻名，很多人不愿意担任北大校长，后来黎元洪委任蔡元培上任，而他也不顾众人的劝阻，决心改变北大的现状。
蔡元培改变了北大的风气
蔡元培在北大担任校长期间兼容并包的教育理念，很多人为之折服。蔡元培到了北大之后，制定了一系列的措施，任用了很多有志之才，如陈独秀、李大钊、胡适、刘半农等，这些都是新派思想的人物，但是对于辜鸿铭这样有学识的守旧派，蔡元培也是非常看重。他认为教育就应该“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”，而这个基调也成为了后世众多学校教育所遵循的基本准则。经过蔡元培的努力，北大彻底改变了，不再陈腐，而是变成一个学术至上的学校，后来更是成为了全国最厉害的文科学府。
《觉醒年代》蔡元培的结局
虽然人人都称赞蔡元培，并说他是一位伟大的教育家，但是蔡元培始终觉得自己愧对这个身份，在历史中，蔡元培多次辞去北大校长一职，在他一生中辞职了24次。蔡元培并不喜欢太过激烈的斗志，他总认为什么事情都可以通过一个温和的方式解决，因此在一些重大的事情上，如果他的意见没有得到统一，蔡元培就会选择辞职。《觉醒年代》中，蔡元培也是辞去了校长一职，然后选择出国考察。